L'embryon

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dans Voyages

Nouveau séjour au Sénégal

Troisième séjour au Sénégal, après ma mission d'enseignement en 2016 et la soutenance de thèse d'Appoh.

Passage obligé au désormais traditionnel hôtel Big Faim de Thiès, avant d'aller visité Sokone et la mangrove dans le Sine-Saloum. Puis retour vers le nord à Saly Portudal, pour l'atelier de validation des formations du futur Institut des Sciences et Techniques Avancées (ISTA) (j'ai participé en tant qu'expert international au groupe génétique moléculaire et bioinformatique), avec visite de la future Cité du Savoir à Diamniadio.

Un projet très ambitieux... mais que cela fait du bien d'entendre un ministre parler de création de nouvelles universités plutôt que de restrictions budgétaires !

dans Oiseaux

Oiseaux : Sénégal

Observation d'oiseaux au Sénégal (Sine-Saloum et Saly Portudal).

Espèces photographiées (4): Aigrette des récifs (x2), Choucador à longue queue (x2), Tisserin gendarme, Tourterelle maillée

Owlready2 0.10 est disponible !

Owlready2 est un module Python pour la programmation orientée ontologie. Il permet de charger des ontologies OWL 2.0 et de les manipuler de manière transparente en Python.

Cette nouvelle version corrige de nombreux bogues et apporte le support des métadonnées de l'ontologie. Elle introduit aussi l'utilisation de Cython, pour accélérer la lecture des fichiers RDF/XML et OWL/XML. Owlready2 est désormais capable de charger ces fichiers aussi rapidement que Java !

Voici les modifications de la version 0.10 :

  • Add Ontology.metadata for adding/querying ontology metadata

  • Allows multiple individual creations with the same name/IRI, now returning the same individuals

  • Add OwlReadyInconsistentOntologyError and Word.inconsistent_classes()

  • Implement RDF/XML and OWL/XML parsing in Cython (25% speed boost for parsing)

  • Small optimization

  • Extend individual.prop.indirect() to include relations asserted at the class level

  • Add .query_owlready() method to RDF graph

  • Bugfixes: - Fix reasoning when obtaining classes equivalent to nothing - Fix World creation with backend parameters - Fix error when adding property at the class definition level - Fix loading of ontology files with no extension from onto_path - Fix properties defined with type 'RDF Property' and subproperty of 'OWL Data/Object/Annotation Property' - Support old SQLite3 versions that do not accept WITHOUT ROWID - Fix reference to undeclared entities (they were replaced by None, now by their IRI) - Fix loading and saving ontologies whose base IRI ends with / - Fix RDF query using string

La nouvelle version peut être téléchargé sur PyPI (Python Package Index) : https://pypi.python.org/pypi/Owlready2

Journées du patrimoine au château de Posanges

Sortie très sympa : le château de Posanges est magnifique et entièrement restauré, le propriétaire est sympathique, et le public est au rendez-vous ! J'ai vraiment été surpris par la foule, comparé au nombre d'habitants du village (une soixantaine !). Le banquet restera un moment gravé dans ma mémoire, j'ai vu des étoiles dans les yeux de certains pendant que j'assurais l'animation musicale.

Un grand merci à Arthur pour l'orga et à Didier pour m'avoir pris dans sa voiture.

dans Lyre

Les compagnons de la marjolaine

"Les compagnons de la marjolaine" est une des chansons préférés de mes petits neveux et cousins, avec le bal du pont du nord. En voici un enregistrement accompagné à la lyre médiévale ! Ce morceau illustre bien les différents styles d'accompagnement que permet cet instrument surprenant.

Vous trouverez aussi la partition correspondante ci-dessous, si vous êtes prêts à chanter !

les_compagnons_de_la_marjolaine2.ogg

les_compagnons_de_la_marjolaine2.mp3

les_compagnons_de_la_marjolaine.pdf

dans Oiseaux

Oiseaux : Lac de Créteil

Observation d'oiseaux au lac de Créteil.

Espèces photographiées (2): Grèbe huppé, Nette rousse (3x)

Cerealizer 0.8.2

Cerealizer 0.8.2 is out!

This is a new bugfix release for pip. Get it here: https://pypi.org/project/Cerealizer/

dans Oiseaux

Oiseaux : Bois de Vincennes

Observation d'oiseaux au bois de Vincennes.

Espèces photographiées (3): Canard mandarin, Faucon crécerelle, Grèbe huppé

dans Oiseaux

Oiseaux : Réserve du Teich

Observation d'oiseaux à la réserve ornithologique du Teich.

Espèces photographiées (13): Aigrette garzette (x2), Avocette élégante (x2), Barge à queue noire (x2), Bergeronnette grise, Canard chipeau, Chevalier culblanc, Chevalier stagnatile (x2), Échasse blanche (x2), Grèbe castagneux, Grèbe huppé, Héron cendré, Tadorne de Belon (x3), Vanneau huppé (2x)

dans Boulot

Deux présentations et un prix à iV 2018 !

J'ai présenté mes travaux sur les boîtes arc-en-ciel au congrès Information Visualisation (iV) 2018.

Le premier article "A new diagram for amino acids: User study comparing rainbow boxes to Venn/Euler diagram" est disponible ici et la présentation .

Le second article "Visualizing symmetric square matrices with rainbow boxes: methods and application to character co-occurrence matrices in literary texts" est disponible ici et la présentation . Et ce second article a obtenu un prix du meilleur article (Best Paper) !

dans Voyages

Quelques photos de Salerne et de Pompéi

De passage à Sarlerne pour le congrès Information Visualisation (iV) 2018. Ensuite, quelques jours de vacances m'ont permis de visiter la ville, son jardin médiéval et les ruines de Pompéi.

Owlready2 0.9 est disponible !

Owlready2 est un module Python pour la programmation orientée ontologie. Il permet de charger des ontologies OWL 2.0 et de les manipuler de manière transparente en Python.

Cette nouvelle version permet d'utiliser PostgresQL à la place de SQLite3 (cependant les performances sont généralement moins bonnes). Elle facilite également l'accès aux restrictions de type SOME sur les classes, en utilisant la notation pointée "classe.propriété".

Voici les modifications de la version 0.9 :

  • PostgresQL backend (in addition to SQLite3)

  • Add 'exclusive = False' option for SQLite3 backend (slower, but allows multiple uses)

  • Use unique index in sqlite3 quadstore on resources table

  • Optimize sqlite3 quadstore by caching IRI dict (5% faster)

  • Add == support for class construct

  • Add get_namespace() support on World

  • Add 'existential restrictions as class properties' feature

  • Bugfixes: - Fix imported ontologies - Fix saving ontologies in onto_path - Fix clear() on CallbackList - Fix bug in Class IRI in ontologies whose base IRI ends with a / - Fix imported ontologies in ontologies whose base IRI ends with a /

La nouvelle version peut être téléchargé sur PyPI (Python Package Index) : https://pypi.python.org/pypi/Owlready2

Le grand tableau des ontologies

Ce grand tableau récapitule 5 notations utilisées pour les ontologies formelles en OWL : les logiques de description, la syntaxe de l'éditeur Protégé, la syntaxe d'Owlready2 en Python, et la sémantique en logique du premier ordre et en logique ensembliste. À garder à portée de main quand on travail sur les ontologies formelles !

Vous pouvez télécharger le grand tableau des ontologies (the great table of ontologies).