Owlready2 0.30 est disponible !

Owlready2 est un module Python pour la programmation orientée ontologie. Il permet de charger des ontologies OWL 2.0 et de les manipuler de manière transparente en Python.

Cette version apporte deux nouveautés :

  • Un moteur SPARQL qui traduit les requêtes en SQL. Ce moteur est beaucoup plus rapide que celui de RDFlib (environ 60x), il n'a aucune dépendance et un temps de chargement plus réduit. Il supporte actuellement un sous-ensemble de SPARQL : requêtes SELECT, INSERT et DELETE, sous-requêtes, mots-clefs UNION, OPTIONAL, FILTER, BIND, FILTER EXISTS, FILTER NOT EXISTS, toutes les fonctions de SPARQL, la notation des noeuds anonymes avec des crochets, ex. ‘[ a XXX]’, et les expressions de chemin (property path expressions) sauf celles avec des parenthèses.

    Ce nouveau moteur s'utilise ainsi (voir la documentation) :

    list(default_world.sparql("""<query>"""))
  • Le support de Dublin Core via une traduction en OWL intégrée. Il est possible de charger directement Dublin Core ainsi :

    dc = get_ontology("http://purl.org/dc/elements/1.1").load()

Voici les modifications :

  • New native SPARQL engine that translates SPARQL queries to SQL

  • Direct support for Dublin Core via the integration of an OWL translation

  • Bugfixes: - Fix RecursionError when saving very deep ontologies to RDF/XML - Fix IRI of the form 'urn:uuid:...' - Fix loading ontologies that modify an imported property

La nouvelle version peut être téléchargé sur PyPI (Python Package Index) : https://pypi.python.org/pypi/Owlready2

dans Boulot

Nouvel article "A data science approach to drug safety"

J'ai publié un nouvel article :

journalif [j66] Lamy JB. A data science approach to drug safety: Semantic and visual mining of adverse drug events from clinical trials of pain treatments. Artificial Intelligence in Medicine 2021;115:102074

Le velouté d'asperge

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En vrai, mon velouté d'asperge a eu beaucoup de succès !

Owlready2 0.29 est disponible !

Owlready2 est un module Python pour la programmation orientée ontologie. Il permet de charger des ontologies OWL 2.0 et de les manipuler de manière transparente en Python.

Voici les modifications :

  • Bugfixes: - Fix installation as a requirement of another Python module

La nouvelle version peut être téléchargé sur PyPI (Python Package Index) : https://pypi.python.org/pypi/Owlready2

Owlready2 0.28 est disponible !

Owlready2 est un module Python pour la programmation orientée ontologie. Il permet de charger des ontologies OWL 2.0 et de les manipuler de manière transparente en Python.

Cette version corrige un problème d'installation sous Windows, et améliore également l'exécution des raisonneurs sous Windows (pas d'apparition de fenêtre DOS).

Voici les modifications :

  • Fix installation under Windows (contributed by CVK)

  • Under Windows, run the reasoners without opening a DOS windows

La nouvelle version peut être téléchargé sur PyPI (Python Package Index) : https://pypi.python.org/pypi/Owlready2

Owlready2 0.27 est disponible !

Owlready2 est un module Python pour la programmation orientée ontologie. Il permet de charger des ontologies OWL 2.0 et de les manipuler de manière transparente en Python.

Voici les modifications :

  • When Pellet is called with debug >= 2 on an inconsistent ontology, Pellet explain output is displayed (contributed by Carsten Knoll)

  • Update doc theme (contributed by Carsten Knoll)

  • Adapt setup.py to allow 'python setup.py develop' and 'pip install -e .' (contributed by Carsten Knoll)

  • Add 'url' argument to Ontology.load() method

  • Add 'read_only' argument to World.set_backend() method

  • Bugfixes: - Fix XML/RDF file parsing/writing for entity having ':' in their name - Fix destroy_entity(), was leaking some RDF triples when class contructs or equivalent_to were involved - Fix 'Class1(entityname); Class2(entityname)' (was changing the individual namespace) - Fix annotation request on RDF annotation properties, e.g. label.label

La nouvelle version peut être téléchargé sur PyPI (Python Package Index) : https://pypi.python.org/pypi/Owlready2

La réparation

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L'influence

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dans Boulot

Séminaire au LIMICS

J'ai présenté mes travaux sur la science des données et la sécurité du médicament : fouille visuelle des effets indésirables observés lors des essais cliniques des traitements de la douleur.

Le diaporama est disponible ici, le preprint qui décrit ces travaux ici, la plateforme en ligne ici et la vidéo du séminaire ici !

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Le langage évolué

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Bonne année 2021 !

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Livre en anglais "Ontologies with Python"

Ontologies with Python, Jean-Baptiste Lamy, Apress Éditions, 350 pages

Mon livre "Ontologies with Python" vient de sortir aux éditions Apress.

Ce livre (350 pages) s'adresse à toute personne qui souhaite apprendre à utiliser le langage Python (en version 3) et le module Owlready2 pour manipuler et construire des ontologies, c'est-à-dire des connaissances structurées accessibles par un ordinateur, dans le but de les publier sous forme de sites web dynamiques et d'effectuer des raisonnements automatiques. Il intéressera plus particulièrement les informaticiens et développeurs pour le web sémantique ou encore les scientifiques dans le domaine de l'intelligence artificielle ou du biomédical.

Il s'agit d'une traduction mise à jour du livre "Python et les ontologies" paru en français chez ENI éditions.

Plus d'informations sur le site de l'éditeur :

https://www.apress.com/fr/book/9781484265512

Owlready2 0.26 est disponible !

Owlready2 est un module Python pour la programmation orientée ontologie. Il permet de charger des ontologies OWL 2.0 et de les manipuler de manière transparente en Python.

Cette nouvelle version inclut un nouveau module pour afficher les entités en Logiques de Description (DL), et des corrections de bogues.

Voici les modifications :

  • Module owlready2.dl_render allows rendering entities to Description Logics (contributed by Simon Bin)

  • Bugfixes: - Adjustment in the comparison of strings from SameAs and DiferrentFrom, allowing equal comparison regardless of the case-sensitive (contributed by Thiago Feijó) - Fix transitive equivalent_to relations between classes and OWL constructs - Fix AnnotationProperty[entity] where entity is a predefined OWL entity (e.g. comment or Thing) - Fix entity.AnnotationProperty where entity is a predefined OWL entity (e.g. comment or Thing) - Fix HermiT when reasoning on several ontologies with imports statement - Ignore "A type A", with a warning

La nouvelle version peut être téléchargé sur PyPI (Python Package Index) : https://pypi.python.org/pypi/Owlready2

dans Boulot

Séminaire QuanTIM au SESSTIM

J'ai présenté mes travaux sur l'aide à la décision visuelle à partir de cas et leur application au traitement du cancer du sein, issus du projet DESIREE.

La présentation est disponible ici en vidéo :

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