dans Boulot

Nouvel article "Helping GPs to extrapolate guideline recommendations to patients for whom there are no explicit recommendations, through the visualization of drug properties"

J'ai publié un nouvel article :

journal [j24] Tsopra R, Sedki K, Courtine M, Falcoff H, De Béco A, Madar R, Mechaï F, Lamy JB. Helping GPs to extrapolate guideline recommendations to patients for whom there are no explicit recommendations, through the visualization of drug properties. The example of AntibioHelp® in bacterial diseases. Journal of the American Medical Informatics Association 2019;accepted

Owlready2 0.15 est disponible !

Owlready2 est un module Python pour la programmation orientée ontologie. Il permet de charger des ontologies OWL 2.0 et de les manipuler de manière transparente en Python.

Cette nouvelle version corrige principalement les bogues de la 0.14.

Voici les modifications :

  • Can infer data property values when reasoning with Pellet

  • Optimize searches with 'type =', 'subclass_of =', or 'is_a =' parameters

  • Add Property.range_iri

  • Add _case_sensitive parameter to search()

  • Add inverse property support in RDFlib support

  • Show Java error message when reasoners crash

  • Bugfixes: - Consider inverse property in get_properties() - Fix parsing bug in reasoning with HermiT and infer_property_values = True - Namespace prefix support in RDFlib binding - Fix dupplicates values when a relation involving a property with inverse is asserted in both directions - Better workaround in case of metaclass conflict - Fix 'sqlite3.OperationalError: too many SQL variables' in searches with 'type =', 'subclass_of =', or 'is_a =' parameters

La nouvelle version peut être téléchargé sur PyPI (Python Package Index) : https://pypi.python.org/pypi/Owlready2

Les semelles glissantes

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dans Voyages

Quelques photos de Prague

De passage à Prague pour le congrès International Conference on Information Visualization Theory and Applications (IVAPP) 2019. Juste avant, quelques jours de vacances m'ont permis de visiter la vieille ville et le château !

dans Oiseaux

Oiseaux : Prague

Observation d'oiseaux à Prague (République Tchèque).

Espèces photographiées (2): Choucas des tours (x4), Grèbe castagneux

dans Boulot

Présentation à VISAPP 2019 !

J'ai présenté mes travaux sur l'utilisation des boîtes arc-en-ciel pour la visualisation des algorithmes quantiques au congrès International Conference on Information Visualization Theory and Applications (IVAPP) 2019.

Mon article est intitulé "Dynamic software visualization of quantum algorithms with rainbow boxes" et disponible ici et la présentation .

Owlready2 0.14 est disponible !

Owlready2 est un module Python pour la programmation orientée ontologie. Il permet de charger des ontologies OWL 2.0 et de les manipuler de manière transparente en Python.

Cette nouvelle version apporte la possibilité d'inférer les valeurs des propriétés (comme dans Protégé) et d'utiliser des règles SWRL, et une meilleure gestion des propriétés de classe et le support d'UMLS (la documentation reste à faire !). Elle corrige aussi plusieurs bogues.

Voici les modifications de la version 0.14 :

  • UMLS support (owlready2.pymedtermino2 package)

  • Can infer object property values when reasoning (thanks W Zimmer)

  • New implementation of property values; use INDIRECT_prop to get indirect values

  • Support several class property types : some, only, some + only, and direct relation

  • Automatically create defined classes via class properties

  • Support anonymous individuals, e.g. Thing(0)

  • Optimize search() when only the number of returned elements is used

  • Optimize FTS search() when using also non-FTS statements

  • Can restrict reasoning to a list of ontologies

  • Union searches (i.e. default_world.search(...) | default_world.search(...))

  • Bugfixes: - Fix functional class properties with inheritance - Fix dupplicated instance list restrictions when calling close_world(ontology) - Fix use of '*' in search - Fix synchronization, using contextvars for global variables

La nouvelle version peut être téléchargé sur PyPI (Python Package Index) : https://pypi.python.org/pypi/Owlready2

dans Boulot

Interview par l'Institut Carnot

J'ai donné une intreview sur mes thématiques et travaux de recherche à l'Institut Carnot.

L'interview "Visualisation et ontologies : outils indispensables des industries" est en ligne ici :

https://www.carnot-interfaces.fr/2019/02/01/visualisation-et-ontologies-outils-indispensables-des-industries/

Balazar Brothers est de retour !

Balazar Brothers est un jeu de puzzle et d'action-réflexion en 3D, sous Linux.

Le jeu a été réalisé il y a 12 ans, et n'était plus disponible... jusqu'à aujourd'hui ! Après Slune, c'est au tour de Balazar Brothers d'être remis à jour pour pouvoir fonctionner sur des ordinateurs et des systèmes récents.

Suivez les instructions d'installation et amusez-vous bien !

dans Slune

Slune est de retour !

Slune est un jeu de course scénarisée sur le Sida en Afrique, sous Linux.

Le jeu a été réalisé il y a près de 15 ans, et n'était plus disponible... jusqu'à aujourd'hui ! Voici une version corrigée de Slune et du moteur Soya 3D, pour pouvoir fonctionner sur des ordinateurs et des systèmes récents... vive le rétro-gaming de jeux libres !

Suivez les instructions d'installation et amusez-vous bien !

dans Boulot

Nouvel article "Explainable artificial intelligence for breast cancer"

J'ai publié un nouvel article :

journal [j23] Lamy JB, Sekar B, Guezennec G, Bouaud J, Séroussi B. Explainable artificial intelligence for breast cancer: a visual case-based reasoning approach. Artificial Intelligence in Medicine 2019;94:42-53

Bonne année 2019 !

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éClaircie 0.3

éClaircie est le moteur de blog statique, sans nuage et anti-traçage qui gère les Fleurs du Normal. Cette troisième version d' éClaircie supprime la dépendance à Sphinx qui causait de nombreux problèmes suite aux nombreux changements incompatibles et aux mauvais supports multilingues du moteur de recherche de Sphinx.

Vous pouvez télécharger la nouvelle version ici : Téléchargement sur PyPI.

Owlready2 0.13 est disponible !

Owlready2 est un module Python pour la programmation orientée ontologie. Il permet de charger des ontologies OWL 2.0 et de les manipuler de manière transparente en Python.

Cette nouvelle version corrige plusieurs bogues et diminutions de performance liés aux nouveaux quadstore introduit dans la version précédente.

Voici les modifications de la version 0.13 :

  • Bugfixes: - Fix performance regression due to suboptimal index in the quadstore - Fix messing up with IRI ending with a / - Fix error in World cloning - Fix the addition of Thing in class's parent when redefining a class with Thing as the only parent - Fix inverse_resctriction() - Add error message when creating an existent quadstore

La nouvelle version peut être téléchargé sur PyPI (Python Package Index) : https://pypi.python.org/pypi/Owlready2