Je travaille comme enseignant-chercheur (maître de conférence) à l'université Paris 13.

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Nouvel article "Explainable decision support through the learning and visualization of preferences from a formal ontology of antibiotic treatments"

J'ai publié un nouvel article :

journalif [j54] Lamy JB, Sedki K, Tsopra R. Explainable decision support through the learning and visualization of preferences from a formal ontology of antibiotic treatments. Journal of Biomedical Informatics 2020;104C:103407

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Nouvel article "Somatic mitochondrial mutations in oral cavity cancers among senegalese patients"

J'ai publié un nouvel article :

journal [j51] Toure S, Mbaye F, Gueye MD, Fall M, Dem A, Lamy JB, Sembene M. Somatic mitochondrial mutations in oral cavity cancers among senegalese patients. Asian Pacific journal of cancer prevention (APJCP) 2019;20(7):2203-2208

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Présentation à EGC 2020 !

J'ai présenté mes travaux sur l'aide à la décision visuelle pour le traitement du cancer du sein dans le projet DESIREE, au congrès EGC 2020 à Bruxelles.

Mon papier était intitulé "Intelligence artificielle explicable pour le cancer du sein : Une approche visuelle de raisonnement à partir de cas". Il est disponible ici et la présentation .

J'ai également participé à l'atelier Visualisation d'informations, interaction et fouille de données (VIF) organisé lors d'EGC, où j'ai présenté des travaux préliminaires intitulés "Combiner arbres phylogénétiques et visualisation d’ensembles" (disponible ici et la présentation ).

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Nouvel article "AntibioGame®"

J'ai publié un nouvel article :

journalif [j52] Tsopra R, Courtine M, Sedki K, Eap D, Cabal M, Cohen S, Bouchaud O, Mechaï F, Lamy JB. AntibioGame®: A serious game for teaching medical students about antibiotic use. International Journal of Medical Informatics 2020;136:104074

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Nouvel article "AntibioGame®"

J'ai publié un nouvel article :

journalif [j53] Tsopra R, Courtine M, Sedki K, Eap D, Cabal M, Cohen S, Bouchaud O, Mechaï F, Lamy JB. AntibioGame®: A serious game for teaching medical students about antibiotic use. International Journal of Medical Informatics 2020;136:104074

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Présentation à ICABME 2019 !

J'ai présenté mes travaux sur l'aide à la décision visuelle pour le traitement du cancer du sein, lors du congrès ICABME 2019 à Tripoli.

Mon papier était intitulé "Hierarchical visual case-based reasoning for supporting breast cancer therapy". Il est disponible ici et la présentation .

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Nouvel article "Une plateforme multimodale d’aide à la décision"

J'ai publié un nouvel article :

journal [j50] Séroussi B, Lamy JB, Prebet C, Ngo C, Teixeira L, Ugarriza A, Sekar B, Larburu N, Muro N, Guézennec G, Bouaud J. Une plateforme multimodale d’aide à la décision : Application à la prise en charge du cancer du sein dans le cadre du projet DESIREE. Technique et Science Informatiques (TSI) 2019;accepté

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Présentation et prix à MEDINFO 2019 !

J'ai présenté mes travaux sur l'utilisation d'icônes VCM pour naviguer dans les terminologies médicales, notamment en pharmacovigilance, lors de MEDINFO 2019.

Mon article était intitulé "An iconic approach to the browsing of medical terminologies". Il est disponible ici et la présentation .

Et j'ai obtenu le prix du meilleur article (Best paper award, premier prix) !

Livre "Python et les ontologies"

Python et les ontologies, Jean-Baptiste Lamy, ENI Éditions, 310 pages

Mon livre "Python et les ontologies" est sorti aux éditions ENI.

Ce livre (310 pages) s'adresse à toute personne qui souhaite apprendre à utiliser le langage Python (en version 3) et le module Owlready2 pour manipuler et construire des ontologies, c'est-à-dire des connaissances structurées accessibles par un ordinateur, dans le but de les publier sous forme de sites web dynamiques et d'effectuer des raisonnements automatiques. Il intéressera plus particulièrement les informaticiens et développeurs pour le web sémantique ou encore les scientifiques dans le domaine de l'intelligence artificielle ou du biomédical.

Après une introduction sur les ontologies et sur le module Owlready qui permet la programmation orientée ontologie, les deux chapitres qui suivent donnent au lecteur quelques rappels sur Python et sur les ontologies OWL. L'auteur présente ensuite les bases d'Owlready et montre comment accéder à des ontologies existantes en Python, comment en créer et en modifier et comment gérer des classes et des constructeurs logiques.

Deux chapitres sont ensuite consacrés à des fonctions spécifiques que peuvent offrir les ontologies : le raisonnement automatique et la gestion du texte (multilinguisme, recherche textuelle). Pour finir, l'auteur traite de points plus spécifiques comme les terminologies médicales, la création de classes mixtes Python-OWL et l'accès direct aux triplets RDF.

Basé notamment sur de nombreux exemples d'applications en lien avec le domaine biomédical, ce livre montre comment construire une petite ontologie des bactéries, comment l'intégrer à un site web dynamique et comment l'utiliser pour l'aide à la décision. D'autres exemples s'appuient sur des ontologies et des ressources de référence telles que Gene Ontology, UMLS (Unified Medical Language System) et DBpedia.

A l'issue de la lecture de ce livre, le lecteur sera ainsi en mesure d'intégrer des ontologies à ses applications et sites web Python. Des éléments complémentaires sont disponibles en téléchargement.

Plus d'informations sur le site de l'éditeur :

https://www.editions-eni.fr/livre/python-et-les-ontologies-9782409020223

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Deux présentations à iV 2019 !

J'ai présenté mes travaux sur les boîtes arc-en-ciel au congrès International Conference Information Visualisation (iV) 2019.

Le premier article est intitulé "Visual explanation of simple neural networks using interactive rainbow boxes" et disponible ici et la présentation .

Le second article est intitulé "Proportional visualization of genotypes and phenotypes with rainbow boxes: methods and application to sickle cell disease" et disponible ici et la présentation . Il s'agit d'un travail en collaboration avec un doctorant et des collègues Sénégalais et le CERPAD.

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Présentation à IC 2019 !

J'ai présenté des travaux sur l'apprentissage de préférences au congrès Ingénierie des Connaissances (IC) 2019, lors de la Plateforme Francophone d'Intelligence Artificiel (PFIA).

L'article est intitulé "Apprentissage de préférences à partir d'une ontologie formelle : méthodes et application en antibiothérapie" et disponible ici et la présentation .

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Nouvel article "RainBio"

J'ai publié un nouvel article :

journalif [j49] Lamy JB, Tsopra R. RainBio: Proportional visualization of large sets in biology. IEEE Transactions on Visualisation and Computer Graphics 2019;accepted

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Nouvel article "Visualizing undirected graphs and symmetric square matrices as overlapping sets"

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Nouvel article "Helping GPs to extrapolate guideline recommendations to patients for whom there are no explicit recommendations, through the visualization of drug properties"

J'ai publié un nouvel article :

journalif [j47] Tsopra R, Sedki K, Courtine M, Falcoff H, De Béco A, Madar R, Mechaï F, Lamy JB. Helping GPs to extrapolate guideline recommendations to patients for whom there are no explicit recommendations, through the visualization of drug properties. The example of AntibioHelp® in bacterial diseases. Journal of the American Medical Informatics Association 2019;26(10):1010-1019