Je travaille comme enseignant-chercheur (maître de conférence) à l'université Paris 13.

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Deux présentations et un prix à iV 2018 !

J'ai présenté mes travaux sur les boîtes arc-en-ciel au congrès Information Visualisation (iV) 2018.

Le premier article "A new diagram for amino acids: User study comparing rainbow boxes to Venn/Euler diagram" est disponible ici et la présentation .

Le second article "Visualizing symmetric square matrices with rainbow boxes: methods and application to character co-occurrence matrices in literary texts" est disponible ici et la présentation . Et ce second article a obtenu un prix du meilleur article (Best Paper) !

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Présentation à MIE 2018 sur les icônes VCM

J'ai présenté mes travaux sur l'établissement d'une correspondance entre les icônes VCM et la terminologie MedDRA au congrès MIE 2018.

L'article "Combining Semantic and Lexical Methods for Mapping MedDRA to VCM Icons" est disponible ici et la présentation .

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Soutenance de thèse d'Appoh Kouame

Appoh Kouame a soutenu à l'université de Saint-Louis (Sénégal) sa thèse intitulée "Système de gestion de la médecine traditionnelle dans une plateforme web social et sémantique : une approche basée sur une ontologie visuelle" et réalisé sous la direction de Moussa Lo et encadré par moi-même.

Encore bravo, Appoh !

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Transition numérique et visualisation : Donner à voir le non visible

J'ai présenté mes travaux en visualisation lors du séminaire TransNum sur la transition numérique, devant un public de sciences humaines et de philosophes. Une drôle d'expérience, avec des questions pour le moins surprenante !

Ma présentation "Donner à voir le non visible" est disponible ici même.

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Vidéo de démonstration du projet VIIIP

Voici une vidéo de démonstration du projet VIIIP (Visualisation Intégrée de l'Information sur l'Innovation Pharmaceutique), financé par l'ANSM. Cette vidéo a été réalisé et diffusé lors de l'évaluation du laboratoire LIMICS par l'HCERES.

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Document d'HDR

Mon document d'HDR (Habilitation à Diriger des Recherches), intitulée "Représentation, iconisation et visualisation des connaissances : Principes et applications à l'aide à la décision médicale", est disponible en ligne ici : HDR .

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Soutenance d'HDR

Mardi prochain (21/11/2017), je soutiendrai mon HDR (Habilitation à Diriger des Recherches), intitulée "Représentation, iconisation et visualisation des connaissances : Principes et applications à l'aide à la décision médicale". La soutenance aura lieu le mardi 21 novembre 2017 à 14h à Rouen à l'adresse suivante :

Bâtiment CURIB, 25 rue Lucien Tesnière, 76130 Mont Saint Aignan

Le jury sera le suivant :

  • Gilles Venturini (rapporteur)

  • Sandra Bringay (rapportrice)

  • Nhan le Thanh (rapporteur)

  • Thierry Lecroq (examinateur)

  • Marie-Christine Jaulent (examinatrice)

  • Lina F Soualmia (examinatrice)

La soutenance sera suivie d'un pot.

Résumé :

Les connaissances sont de plus en plus nombreuses, tandis que le temps disponible pour se les approprier est limité. Dans le domaine médical, le format textuel reste la référence. Mais les médecins n'ont guère le temps de se référer aux textes durant leurs consultations. Les systèmes automatiques d'aide à la décision clinique ont souvent été présentés comme une solution pour résoudre le problème de l'explosion des connaissances médicales, mais ils n'ont pas abouti au succès initialement espéré.

Nous proposons une approche différente pour l'aide à la décision : la visualisation des connaissances. Il s'agit de présenter les connaissances de manière visuelle à l'utilisateur, afin de faciliter la prise de décision. Nous étudierons cette nouvelle approche selon une démarche multidisciplinaire, en 4 étapes :

  1. La représentation et la formalisation des connaissances

  2. La visualisation iconique

  3. La visualisation structurelle

  4. L'intégration de la visualisation au sein des applications, et leur évaluation

Cette démarche sera illustrée au travers de trois projets auxquels j'ai participé en tant que postdoc puis maître de conférences au laboratoire LIM&BIO puis LIMICS. Nous montrerons qu'il est possible de visualiser des connaissances abstraites complexes à l’aide d’icônes et de techniques de visualisation, mais également que cette approche conduit à de bonnes performances et une bonne acceptation lorsqu'elle est mise en œuvre pour l'aide à la décision.

Enseignement au Sénégal

Voici quelques photos prises lors de ma mission d'enseignement au Sénégal. J'ai enseigné la programmation Python (programmation orientée objet et développement web) aux étudiants de M1 Système et Réseaux à l'université Alioune Diop de Bambey, en pleine brousse sénégalaise.

Les étudiants étaient très sympathique mais aussi plus sages et plus motivés que leurs collègues français !

OwlReady à la conférence STC 2016

OwlReady et la programmation orientée ontologie ont fait l'objet d'une présentation à la conférence STC 2016 (Special Topic Conference). L'article est disponible en ligne et la présentation de même. Merci de citer ce papier si vous utilisez OwlReady !

Ontology-Oriented Programming for Biomedical Informatics.
JB Lamy.
Studies in Health Technology and Informatics 2016 ; 221:64-68

Owlready est un module Python pour la programmation orientée ontologie. Il permet de charger des ontologies OWL 2.0 et de les manipuler de manière transparente en Python.

PyMedTermino à la conférence européenne d'informatique médicale MIE 2015

PyMedTermino a fait l'objet d'un article et d'une présentation à la conférence européenne d'informatique médicale (MIE 2015). L'article est disponible en ligne et la présentation ici même. N'hésitez pas à le citer si vous utilisez PyMedTermino !

PyMedTermino: an open-source generic API for advanced terminology services.
JB Lamy, A Venot, C Duclos.
Studies in Health Technology and Informatics 2015 ; 210:924-928

PyMedTermino (Terminologies Médicales en Python) est un module Python permettant d'accéder facilement aux principales terminologies médicales.

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Poster à MIE 2014 : ontologies, essais cliniques et détection automatique de biais

Voici le poster que j'ai présenté lundi au congrès MIE 2014, intitulé Toward an ontology-based system for the automatic detection of biases and weaknesses in drug clinical trial results (Vers un système à base d'ontologie pour la détection automatique de biais et faiblesses dans les résultats d'essais cliniques médicamenteux).

Version PDF : mie2014_poster.pdf.

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Thématique de recherche graphique !

Voici une description graphique de mes thématiques de recherche universitaire... plus personne ne pourra me dire que c'est abscons et incompréhensible !

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J'ai enfin publié un article !

Un premier pas important franchi dans ma vie de chercheur : j'ai enfin publié un vrai article (c'est à dire pas une conférence), en premier auteur !

Et pour une première fois, c'est réussi : l'éditeur (sympa) nous a fait un communiqué de presse et l'article a ensuite été repris dans plusieurs site oueb médicaux. Encore mieux, il a été commenté dans Science et le sera bientôt dans Nature, deux revues scientifiques parmi les plus prestigieuses !

L'article est dispo librement ici : http://www.biomedcentral.com/1472-6947/8/16/abstract. Le choix d'une revue disponible en ligne permet non seulement de satisfaire mes idéaux de chercheur public en ayant une publication sous licence libre Creative Common (CC-BY), mais aussi d'avoir une diffusion bien plus large (plus de 2200 lectures en moins d'un mois !).

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Soutenance de thèse

Mardi prochain (19/12/2006) je soutiens ma thèse de sciences...! Avis au amateur, cela a lieu en salle J17, aux cordeliers (15 rue de l'école de médecine, 75006 Paris, métro Odéon) à 11h. Évidemment il y aura un pot après :-)

Le jury est composé de :

  • Alain Venot (directeur de thèse)

  • Stéfan Darmoni (rapporteur)

  • Marius Fieschi (rapporteur)

  • Pierre Zweigenbaum (examinateur)

  • Alain-Jacques Valleron (examinateur)

Titre de la thèse : Conception et évaluation de méthodes de visualisation des connaissances médicales : Mise au point d'un langage graphique et application aux connaissances sur le médicament

Résumé :

Les connaissances médicales sont de plus en plus nombreuses et complexes, ce qui rend leur utilisation difficile. Dans d'autres domaines, comme la signalisation routière, des approches graphiques ont permis d'accélérer l'accès aux connaissances. Notre hypothèse est que la médecine pourrait aussi bénéficier de ces approches. Pour cela, nous nous sommes placés dans un cadre multi-disciplinaire : médecine et pharmacie, sciences cognitives et informatique, pour mettre au point des méthodes de visualisation des connaissances médicales, dans le but de faciliter l'accès aux connaissances par les professionnels de santé en situation clinique.

Nous avons suivi une méthodologie rigoureuse s'appuyant sur (a) la nature des connaissances médicales, déterminée à partir de la littérature, de connaissances d'experts et d'une analyse par des méthodes de Traitement Automatique du Langage (TAL), et (b) les capacités de la vision humaine. Nous proposons VCM, un langage graphique de Visualisation des Connaissances Médicales ainsi que "Monsieur VCM", un bonhomme graphique interactif. Un prototype appliqué aux connaissances sur le médicament et au Résumé des Caractéristiques Produit (RCP) a été réalisé. Une évaluation dans des conditions contrôlées a montré que les médecins avaient lu VCM deux fois plus vite que le texte, et en faisant moins d'erreurs.

Les approches graphiques nous semblent prometteuses pour présenter les connaissances médicales. Les perspectives du langage VCM incluent son extension à l'ensemble de la médecine, l'amélioration de son "universalité" et son utilisation dans d'autres applications médicales.