Boulot

Je travaille comme enseignant-chercheur (maître de conférence) à l’université Paris 13.

Commentaires

Deux présentations et un prix à iV 2018 !

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J’ai présenté mes travaux sur les boîtes arc-en-ciel au congrès Information Visualisation (iV) 2018.

Le premier article « A new diagram for amino acids: User study comparing rainbow boxes to Venn/Euler diagram » est disponible ici et la présentation .

Le second article « Visualizing symmetric square matrices with rainbow boxes: methods and application to character co-occurrence matrices in literary texts » est disponible ici et la présentation . Et ce second article a obtenu un prix du meilleur article (Best Paper) !

Présentation à MIE 2018 sur les icônes VCM

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J’ai présenté mes travaux sur l’établissement d’une correspondance entre les icônes VCM et la terminologie MedDRA au congrès MIE 2018.

L’article « Combining Semantic and Lexical Methods for Mapping MedDRA to VCM Icons » est disponible ici et la présentation .

Soutenance de thèse d’Appoh Kouame

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Appoh Kouame a soutenu à l’université de Saint-Louis (Sénégal) sa thèse intitulée « Système de gestion de la médecine traditionnelle dans une plateforme web social et sémantique : une approche basée sur une ontologie visuelle » et réalisé sous la direction de Moussa Lo et encadré par moi-même.

Encore bravo, Appoh !

Transition numérique et visualisation : Donner à voir le non visible

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J’ai présenté mes travaux en visualisation lors du séminaire TransNum sur la transition numérique, devant un public de sciences humaines et de philosophes. Une drôle d’expérience, avec des questions pour le moins surprenante !

Ma présentation « Donner à voir le non visible » est disponible ici même.

Vidéo de démonstration du projet VIIIP

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Voici une vidéo de démonstration du projet VIIIP (Visualisation Intégrée de l’Information sur l’Innovation Pharmaceutique), financé par l’ANSM. Cette vidéo a été réalisé et diffusé lors de l’évaluation du laboratoire LIMICS par l’HCERES.

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Document d’HDR

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Mon document d’HDR (Habilitation à Diriger des Recherches), intitulée « Représentation, iconisation et visualisation des connaissances : Principes et applications à l’aide à la décision médicale », est disponible en ligne ici : HDR .

Soutenance d’HDR

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Mardi prochain (21/11/2017), je soutiendrai mon HDR (Habilitation à Diriger des Recherches), intitulée « Représentation, iconisation et visualisation des connaissances : Principes et applications à l’aide à la décision médicale ». La soutenance aura lieu le mardi 21 novembre 2017 à 14h à Rouen à l’adresse suivante :

Bâtiment CURIB, 25 rue Lucien Tesnière, 76130 Mont Saint Aignan

Le jury sera le suivant :

  • Gilles Venturini (rapporteur)
  • Sandra Bringay (rapportrice)
  • Nhan le Thanh (rapporteur)
  • Thierry Lecroq (examinateur)
  • Marie-Christine Jaulent (examinatrice)
  • Lina F Soualmia (examinatrice)

La soutenance sera suivie d’un pot.

Résumé :

Les connaissances sont de plus en plus nombreuses, tandis que le temps disponible pour se les approprier est limité. Dans le domaine médical, le format textuel reste la référence. Mais les médecins n’ont guère le temps de se référer aux textes durant leurs consultations. Les systèmes automatiques d’aide à la décision clinique ont souvent été présentés comme une solution pour résoudre le problème de l’explosion des connaissances médicales, mais ils n’ont pas abouti au succès initialement espéré.

Nous proposons une approche différente pour l’aide à la décision : la visualisation des connaissances. Il s’agit de présenter les connaissances de manière visuelle à l’utilisateur, afin de faciliter la prise de décision. Nous étudierons cette nouvelle approche selon une démarche multidisciplinaire, en 4 étapes :

  1. La représentation et la formalisation des connaissances
  2. La visualisation iconique
  3. La visualisation structurelle
  4. L’intégration de la visualisation au sein des applications, et leur évaluation

Cette démarche sera illustrée au travers de trois projets auxquels j’ai participé en tant que postdoc puis maître de conférences au laboratoire LIM&BIO puis LIMICS. Nous montrerons qu’il est possible de visualiser des connaissances abstraites complexes à l’aide d’icônes et de techniques de visualisation, mais également que cette approche conduit à de bonnes performances et une bonne acceptation lorsqu’elle est mise en œuvre pour l’aide à la décision.

Enseignement au Sénégal

Voici quelques photos prises lors de ma mission d’enseignement au Sénégal. J’ai enseigné la programmation Python (programmation orientée objet et développement web) aux étudiants de M1 Système et Réseaux à l’université Alioune Diop de Bambey, en pleine brousse sénégalaise.

Les étudiants étaient très sympathique mais aussi plus sages et plus motivés que leurs collègues français !

OwlReady à la conférence STC 2016

OwlReady et la programmation orientée ontologie ont fait l’objet d’une présentation à la conférence STC 2016 (Special Topic Conference). L’article est disponible en ligne et la présentation de même. Merci de citer ce papier si vous utilisez OwlReady !

Ontology-Oriented Programming for Biomedical Informatics.
JB Lamy.
Studies in Health Technology and Informatics 2016 ; 221:64-68

Owlready est un module Python pour la programmation orientée ontologie. Il permet de charger des ontologies OWL 2.0 et de les manipuler de manière transparente en Python.

PyMedTermino à la conférence européenne d’informatique médicale MIE 2015

PyMedTermino a fait l’objet d’un article et d’une présentation à la conférence européenne d’informatique médicale (MIE 2015). L’article est disponible en ligne et la présentation ici même. N’hésitez pas à le citer si vous utilisez PyMedTermino !

PyMedTermino: an open-source generic API for advanced terminology services.
JB Lamy, A Venot, C Duclos.
Studies in Health Technology and Informatics 2015 ; 210:924-928

PyMedTermino (Terminologies Médicales en Python) est un module Python permettant d’accéder facilement aux principales terminologies médicales.