Ontologies with Python, Jean-Baptiste Lamy, Apress Éditions, 350 pages Python et les ontologies, Jean-Baptiste Lamy, ENI Éditions, 310 pages Sombre comme l'Aurore, Jean-Baptiste Lamy, Éditions 38, 466 pages

Le blog et site personnel de Jean-Baptiste Lamy (Jiba).

Mon roman "Sombre comme l'Aurore - La légende de Tienn Halidenn" est disponible aux Éditions du 38.

Mon livre sur Python et les ontologies est disponible en français (Python et les ontologies) et en anglais (Ontologies with Python).

Bonne lecture !

Les objets dangereux

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Papaaa...

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Bonne année 2024 !

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dans Boulot

Nouvel article pré-publié "ABiMed"

J'ai pré-publié un nouvel article :

preprint [p4] Mouazer A, Léguillon R, Boudegzdame N, Levrard T, Le Bars Y, Simon C, Séroussi B, Grosjean J, Lelong R, Letord C, Darmoni S, Schuers M, Sedki K, Dubois S, Falcoff H, Tsopra R, Lamy JB. ABiMed: An intelligent and visual clinical decision support system for medication reviews and polypharmacy management. Arxiv preprint arXiv:2312.11526 2023

La cuisine

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Owlready2 0.45 est disponible !

Owlready2 est un module Python pour la programmation orientée ontologie. Il permet de charger des ontologies OWL 2.0 et de les manipuler de manière transparente en Python.

Voici les modifications :

  • The PREDEFINED_ONTOLOGIES global dictionary can now be used to map ontology IRI to arbitrary local pathes or URL.

  • The new FTSSqlite3Phrase() string type can be used to perform FTS search using Sqlite3 special syntax, e.g. default_world.search(label = FTSSqlite3Phrase("Electrocardiographic OR ECG"))

  • Add support for RDF plain literals, via the plainliteral Python datatype.

  • Bugfixes: * Fix set_name() on property when python_name is the same as name * Fix some special characters (e.g. :) and keyword (e.g. OR) in FTS search * Fix literal with no datatype (should be considered as string, see https://www.w3.org/TR/rdf11-concepts/#section-Graph-Literal * Fix wrong inheritance of TransitiveProperty, ReflexiveProperty and SymmetricProperty * Fix 'DeprecationWarning: invalid escape sequence' in regexp * Raise an error when creating a new ontology inside a with ontology:... block * Use rdf:langString for locstr (was rdf:plainLiteral)

La nouvelle version peut être téléchargé sur PyPI (Python Package Index) : https://pypi.python.org/pypi/Owlready2

L'oeil

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dans Boulot

Nouvel article pré-publié "Adaptive questionnaires for facilitating patient data entry in clinical decision support systems"

J'ai pré-publié un nouvel article :

preprint [p3] Lamy JB, Mouazer A, Sedki K, Dubois S, Falcoff H. Adaptive questionnaires for facilitating patient data entry in clinical decision support systems: Methods and application to STOPP/START v2. Arxiv preprint arxiv:2309.10398 2023

Les toilettes en solo

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Owlready2 0.44 est disponible !

Owlready2 est un module Python pour la programmation orientée ontologie. Il permet de charger des ontologies OWL 2.0 et de les manipuler de manière transparente en Python.

Cette version inclut un module d'observation permettant d'ajouter un listener à n'importe quelle entité, afin d'être notifier lorsque les relations de l'entité sont modifiées.

Elle introduit aussi une nouvelle syntaxe pour annoter les relations : AnnotatedRelation(s,p,o).comment = ["abc"] (NB l'ancienne syntaxe reste supportée).

Voici les modifications :

  • New syntax for annotations on relation, e.g. AnnotatedRelation(s,p,o).comment = "abc" (the old syntax remains supported)

  • Optimize annotations on relations

  • Support GRAPH clauses in SPARQL INSERT queries

  • Observation framework (see owlready2.observe and doc on the observation framework)

  • Bugfixes: - Fix the update of equivalent_to after destroying a class - Fix the update of annotations on class when modified with SPARQL queries - Fix SPARQL GRAPH clause in SELECT queries when querying the graph as a variable and all triples are not inside the GRAPH clause - Fix LANGMATCHES SPARQL function - Prevent multiprocessing loading of large ontologies when fork is not available (i.e. on Mac) - Fix subproperties parent classes when destroying a property - Fix loading of TransitiveProperty, SymmetricProperty, AsymmetricProperty, ReflexiveProperty, IrreflexiveProperty

La nouvelle version peut être téléchargé sur PyPI (Python Package Index) : https://pypi.python.org/pypi/Owlready2

Les tensions

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Le placard du haut

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Owlready2 0.43 est disponible !

Owlready2 est un module Python pour la programmation orientée ontologie. Il permet de charger des ontologies OWL 2.0 et de les manipuler de manière transparente en Python.

Cette version inclut un changement incompatible avec les précédentes: les literaux avec des languages différents sont désormais considérés comme différents. Par exemple:

  • locstr("Test", "en") != "Test"

  • locstr("Test", "en") != locstr("Test", "fr")

ce n'était pas le cas dans les versions précédentes, et cela causait des bogues et des confusion entre literaux.

J'en profite pour mentionner un nouveau projet: FullPy est un module Python pour concevoir des applications web entièrement en Python. Il utilise Owlready pour la persistance et la sémantique des données. Pour plus d'informations sur FullPy sont disponibles ici :

Suite à un bogue de dernière minute, il n'y a pas de version 0.42.

Voici les modifications :

  • INCOMPATIBLE CHANGE: Consider literal with different language as different

  • Support GRAPH clauses in SPARQL queries

  • World now supports custom lock (e.g. World(lock = ...))

  • Bugfixes: - Fix World(enable_thread_parallelism = True) (was named enable_gevent) - Fix blank nodes in rdflib_store - Fix FILTER in SPARQL when the filter was just after a recursive query - Fix recursive query in SPARQL involving variables in their right part - Fix SPARQL query with annotations containing entities - Fix property creation when using a Union in the '>>' syntax (e.g. class Prop((MyClass | MyOtherClass) >> str): pass) - Fix UMLS extraction in PyMedTermino2 - Fix Class IRI with brackets (or other special characters) when writing RDF/XML file

La nouvelle version peut être téléchargé sur PyPI (Python Package Index) : https://pypi.python.org/pypi/Owlready2

La danse

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