Le blog et site personnel de Jean-Baptiste Lamy (Jiba).
Mon roman "Sombre comme l'Aurore - La légende de Tienn Halidenn" est disponible aux Éditions du 38.
Mon livre sur Python et les ontologies est disponible en français (Python et les ontologies) et en anglais (Ontologies with Python).
Bonne lecture !
Owlready2 0.33 est disponible !
Owlready2 est un module Python pour la programmation orientée ontologie. Il permet de charger des ontologies OWL 2.0 et de les manipuler de manière transparente en Python.
Voici les modifications :
Bugfixes: - Fix 'sqlite3.OperationalError: no such table: sqlite_schema' with SQLite3 < 0.33
La nouvelle version peut être téléchargé sur PyPI (Python Package Index) : https://pypi.python.org/pypi/Owlready2
Owlready2 0.32 est disponible !
Owlready2 est un module Python pour la programmation orientée ontologie. Il permet de charger des ontologies OWL 2.0 et de les manipuler de manière transparente en Python.
Voici les modifications :
Add scripts to import OMOP-CDM as an ontology (see directory pymedtermino2/omop_cdm/)
SPARQL engine optimization
Bugfixes: - Fix name clash when creating individuals from classes whose names end with a number, e.g. "c1" + "1" vs "c" + "11" - Fix block with only a FILTER in SPARQL
La nouvelle version peut être téléchargé sur PyPI (Python Package Index) : https://pypi.python.org/pypi/Owlready2
Owlready2 0.31 est disponible !
Owlready2 est un module Python pour la programmation orientée ontologie. Il permet de charger des ontologies OWL 2.0 et de les manipuler de manière transparente en Python.
Cette version permet d'ouvrir des points de contact SPARQL (endpoints) avec le nouveau moteur SPARQL, et corrige plusieurs bogues, notamment dans le moteur SPARQL.
Voici les modifications :
Can open SPARQL endpoints (see module owlready2.sparql.endpoint and doc)
Support ClaML file format in PyMedTermino2 for French ICD10
Bugfixes: - Fix prefix in SPARQL that does not correspond to an existing ontology - Fix ! in SPARQL FILTER - Fix Thing.subclasses() so as it now returns classes that have parent constructs but no parent named classes - Fix metaclass of FusionClass when creating individuals belonging to several classes, including one from PyMedTermino - Fix Prop[individual] for functional properties with no relation for the given individual
La nouvelle version peut être téléchargé sur PyPI (Python Package Index) : https://pypi.python.org/pypi/Owlready2
Owlready2 0.30 est disponible !
Owlready2 est un module Python pour la programmation orientée ontologie. Il permet de charger des ontologies OWL 2.0 et de les manipuler de manière transparente en Python.
Cette version apporte deux nouveautés :
Un moteur SPARQL qui traduit les requêtes en SQL. Ce moteur est beaucoup plus rapide que celui de RDFlib (environ 60x), il n'a aucune dépendance et un temps de chargement plus réduit. Il supporte actuellement un sous-ensemble de SPARQL : requêtes SELECT, INSERT et DELETE, sous-requêtes, mots-clefs UNION, OPTIONAL, FILTER, BIND, FILTER EXISTS, FILTER NOT EXISTS, toutes les fonctions de SPARQL, la notation des noeuds anonymes avec des crochets, ex. ‘[ a XXX]’, et les expressions de chemin (property path expressions) sauf celles avec des parenthèses.
Ce nouveau moteur s'utilise ainsi (voir la documentation) :
list(default_world.sparql("""<query>"""))Le support de Dublin Core via une traduction en OWL intégrée. Il est possible de charger directement Dublin Core ainsi :
dc = get_ontology("http://purl.org/dc/elements/1.1").load()
Voici les modifications :
New native SPARQL engine that translates SPARQL queries to SQL
Direct support for Dublin Core via the integration of an OWL translation
Bugfixes: - Fix RecursionError when saving very deep ontologies to RDF/XML - Fix IRI of the form 'urn:uuid:...' - Fix loading ontologies that modify an imported property
La nouvelle version peut être téléchargé sur PyPI (Python Package Index) : https://pypi.python.org/pypi/Owlready2
Nouvel article "A data science approach to drug safety"
J'ai publié un nouvel article :
[j66] Lamy JB. A data science approach to drug safety: Semantic and visual mining of adverse drug events from clinical trials of pain treatments. Artificial Intelligence in Medicine 2021;115:102074
Le velouté d'asperge
En vrai, mon velouté d'asperge a eu beaucoup de succès !
Owlready2 0.29 est disponible !
Owlready2 est un module Python pour la programmation orientée ontologie. Il permet de charger des ontologies OWL 2.0 et de les manipuler de manière transparente en Python.
Voici les modifications :
Bugfixes: - Fix installation as a requirement of another Python module
La nouvelle version peut être téléchargé sur PyPI (Python Package Index) : https://pypi.python.org/pypi/Owlready2
Owlready2 0.28 est disponible !
Owlready2 est un module Python pour la programmation orientée ontologie. Il permet de charger des ontologies OWL 2.0 et de les manipuler de manière transparente en Python.
Cette version corrige un problème d'installation sous Windows, et améliore également l'exécution des raisonneurs sous Windows (pas d'apparition de fenêtre DOS).
Voici les modifications :
Fix installation under Windows (contributed by CVK)
Under Windows, run the reasoners without opening a DOS windows
La nouvelle version peut être téléchargé sur PyPI (Python Package Index) : https://pypi.python.org/pypi/Owlready2
Owlready2 0.27 est disponible !
Owlready2 est un module Python pour la programmation orientée ontologie. Il permet de charger des ontologies OWL 2.0 et de les manipuler de manière transparente en Python.
Voici les modifications :
When Pellet is called with debug >= 2 on an inconsistent ontology, Pellet explain output is displayed (contributed by Carsten Knoll)
Update doc theme (contributed by Carsten Knoll)
Adapt setup.py to allow 'python setup.py develop' and 'pip install -e .' (contributed by Carsten Knoll)
Add 'url' argument to Ontology.load() method
Add 'read_only' argument to World.set_backend() method
Bugfixes: - Fix XML/RDF file parsing/writing for entity having ':' in their name - Fix destroy_entity(), was leaking some RDF triples when class contructs or equivalent_to were involved - Fix 'Class1(entityname); Class2(entityname)' (was changing the individual namespace) - Fix annotation request on RDF annotation properties, e.g. label.label
La nouvelle version peut être téléchargé sur PyPI (Python Package Index) : https://pypi.python.org/pypi/Owlready2
Séminaire au LIMICS
J'ai présenté mes travaux sur la science des données et la sécurité du médicament : fouille visuelle des effets indésirables observés lors des essais cliniques des traitements de la douleur.
Le diaporama est disponible ici, le preprint qui décrit ces travaux ici, la plateforme en ligne ici et la vidéo du séminaire ici !
