Le blog et site personnel de Jean-Baptiste Lamy (Jiba).
Mon roman "Sombre comme l'Aurore - La légende de Tienn Halidenn" est disponible aux Éditions du 38.
Mon livre sur Python et les ontologies est disponible en français (Python et les ontologies) et en anglais (Ontologies with Python).
Bonne lecture !
Owlready2 0.45 est disponible !
Owlready2 est un module Python pour la programmation orientée ontologie. Il permet de charger des ontologies OWL 2.0 et de les manipuler de manière transparente en Python.
Voici les modifications :
The PREDEFINED_ONTOLOGIES global dictionary can now be used to map ontology IRI to arbitrary local pathes or URL.
The new FTSSqlite3Phrase() string type can be used to perform FTS search using Sqlite3 special syntax, e.g. default_world.search(label = FTSSqlite3Phrase("Electrocardiographic OR ECG"))
Add support for RDF plain literals, via the plainliteral Python datatype.
Bugfixes: * Fix set_name() on property when python_name is the same as name * Fix some special characters (e.g. :) and keyword (e.g. OR) in FTS search * Fix literal with no datatype (should be considered as string, see https://www.w3.org/TR/rdf11-concepts/#section-Graph-Literal * Fix wrong inheritance of TransitiveProperty, ReflexiveProperty and SymmetricProperty * Fix 'DeprecationWarning: invalid escape sequence' in regexp * Raise an error when creating a new ontology inside a with ontology:... block * Use rdf:langString for locstr (was rdf:plainLiteral)
La nouvelle version peut être téléchargé sur PyPI (Python Package Index) : https://pypi.python.org/pypi/Owlready2
Nouvel article pré-publié "Adaptive questionnaires for facilitating patient data entry in clinical decision support systems"
J'ai pré-publié un nouvel article :
[p3] Lamy JB, Mouazer A, Sedki K, Dubois S, Falcoff H. Adaptive questionnaires for facilitating patient data entry in clinical decision support systems: Methods and application to STOPP/START v2. Arxiv preprint arxiv:2309.10398 2023
Owlready2 0.44 est disponible !
Owlready2 est un module Python pour la programmation orientée ontologie. Il permet de charger des ontologies OWL 2.0 et de les manipuler de manière transparente en Python.
Cette version inclut un module d'observation permettant d'ajouter un listener à n'importe quelle entité, afin d'être notifier lorsque les relations de l'entité sont modifiées.
Elle introduit aussi une nouvelle syntaxe pour annoter les relations : AnnotatedRelation(s,p,o).comment = ["abc"] (NB l'ancienne syntaxe reste supportée).
Voici les modifications :
New syntax for annotations on relation, e.g. AnnotatedRelation(s,p,o).comment = "abc" (the old syntax remains supported)
Optimize annotations on relations
Support GRAPH clauses in SPARQL INSERT queries
Observation framework (see owlready2.observe and doc on the observation framework)
Bugfixes: - Fix the update of equivalent_to after destroying a class - Fix the update of annotations on class when modified with SPARQL queries - Fix SPARQL GRAPH clause in SELECT queries when querying the graph as a variable and all triples are not inside the GRAPH clause - Fix LANGMATCHES SPARQL function - Prevent multiprocessing loading of large ontologies when fork is not available (i.e. on Mac) - Fix subproperties parent classes when destroying a property - Fix loading of TransitiveProperty, SymmetricProperty, AsymmetricProperty, ReflexiveProperty, IrreflexiveProperty
La nouvelle version peut être téléchargé sur PyPI (Python Package Index) : https://pypi.python.org/pypi/Owlready2
Owlready2 0.43 est disponible !
Owlready2 est un module Python pour la programmation orientée ontologie. Il permet de charger des ontologies OWL 2.0 et de les manipuler de manière transparente en Python.
Cette version inclut un changement incompatible avec les précédentes: les literaux avec des languages différents sont désormais considérés comme différents. Par exemple:
locstr("Test", "en") != "Test"
locstr("Test", "en") != locstr("Test", "fr")
ce n'était pas le cas dans les versions précédentes, et cela causait des bogues et des confusion entre literaux.
J'en profite pour mentionner un nouveau projet: FullPy est un module Python pour concevoir des applications web entièrement en Python. Il utilise Owlready pour la persistance et la sémantique des données. Pour plus d'informations sur FullPy sont disponibles ici :
Suite à un bogue de dernière minute, il n'y a pas de version 0.42.
Voici les modifications :
INCOMPATIBLE CHANGE: Consider literal with different language as different
Support GRAPH clauses in SPARQL queries
World now supports custom lock (e.g. World(lock = ...))
Bugfixes: - Fix World(enable_thread_parallelism = True) (was named enable_gevent) - Fix blank nodes in rdflib_store - Fix FILTER in SPARQL when the filter was just after a recursive query - Fix recursive query in SPARQL involving variables in their right part - Fix SPARQL query with annotations containing entities - Fix property creation when using a Union in the '>>' syntax (e.g. class Prop((MyClass | MyOtherClass) >> str): pass) - Fix UMLS extraction in PyMedTermino2 - Fix Class IRI with brackets (or other special characters) when writing RDF/XML file
La nouvelle version peut être téléchargé sur PyPI (Python Package Index) : https://pypi.python.org/pypi/Owlready2
FullPy 0.1 est disponible !
FullPy est un module Python pour développer des applications web client-server sémantiques, entièrement en Python.
Ceci est la première version de FullPy.
FullPy peut être téléchargé sur PyPI (Python Package Index) : https://pypi.python.org/pypi/fullpy
Owlready2 0.41 est disponible !
Owlready2 est un module Python pour la programmation orientée ontologie. Il permet de charger des ontologies OWL 2.0 et de les manipuler de manière transparente en Python.
Cette version introduit un travail sur la parallélisation à base de threads. La lecture de gros fichiers OWL est désormais plus rapide (~ 25% plus rapide avec GO), et Owlready peut exécuter des requêtes SPARQL de manière parallélisée. Se référer à la doc plus plus d'info (https://owlready2.readthedocs.io/en/latest/sync.html).
Voici les modifications :
Parallelized huge OWL file parsing (about 25% faster on GO)
Parallelized SPARQL queries (see owlready2.sparql.execute_many() and execute(spawn = True))
Bugfixes: - Fix Class.INDIRECT_get_class_properties() with restriction on Inverse(Prop) - Fix Restriction of type HasSelf - Fix delattr in destroy_entity() - Fix blank nodes importation from RDFlib - Fix ', + and - in FTS search
La nouvelle version peut être téléchargé sur PyPI (Python Package Index) : https://pypi.python.org/pypi/Owlready2