Le blog et site personnel de Jiba !

Owlready2 0.14 est disponible !

Owlready2 est un module Python pour la programmation orientée ontologie. Il permet de charger des ontologies OWL 2.0 et de les manipuler de manière transparente en Python.

Cette nouvelle version apporte la possibilité d'inférer les valeurs des propriétés (comme dans Protégé) et d'utiliser des règles SWRL, et une meilleure gestion des propriétés de classe et le support d'UMLS (la documentation reste à faire !). Elle corrige aussi plusieurs bogues.

Voici les modifications de la version 0.14 :

  • UMLS support (owlready2.pymedtermino2 package)

  • Can infer object property values when reasoning (thanks W Zimmer)

  • New implementation of property values; use INDIRECT_prop to get indirect values

  • Support several class property types : some, only, some + only, and direct relation

  • Automatically create defined classes via class properties

  • Support anonymous individuals, e.g. Thing(0)

  • Optimize search() when only the number of returned elements is used

  • Optimize FTS search() when using also non-FTS statements

  • Can restrict reasoning to a list of ontologies

  • Union searches (i.e. default_world.search(...) | default_world.search(...))

  • Bugfixes: - Fix functional class properties with inheritance - Fix dupplicated instance list restrictions when calling close_world(ontology) - Fix use of '*' in search - Fix synchronization, using contextvars for global variables

La nouvelle version peut être téléchargé sur PyPI (Python Package Index) : https://pypi.python.org/pypi/Owlready2

dans Boulot

Interview par l'Institut Carnot

J'ai donné une intreview sur mes thématiques et travaux de recherche à l'Institut Carnot.

L'interview "Visualisation et ontologies : outils indispensables des industries" est en ligne ici :

https://www.carnot-interfaces.fr/2019/02/01/visualisation-et-ontologies-outils-indispensables-des-industries/

Balazar Brothers est de retour !

Balazar Brothers est un jeu de puzzle et d'action-réflexion en 3D, sous Linux.

Le jeu a été réalisé il y a 12 ans, et n'était plus disponible... jusqu'à aujourd'hui ! Après Slune, c'est au tour de Balazar Brothers d'être remis à jour pour pouvoir fonctionner sur des ordinateurs et des systèmes récents.

Suivez les instructions d'installation et amusez-vous bien !

dans Slune

Slune est de retour !

Slune est un jeu de course scénarisée sur le Sida en Afrique, sous Linux.

Le jeu a été réalisé il y a près de 15 ans, et n'était plus disponible... jusqu'à aujourd'hui ! Voici une version corrigée de Slune et du moteur Soya 3D, pour pouvoir fonctionner sur des ordinateurs et des systèmes récents... vive le rétro-gaming de jeux libres !

Suivez les instructions d'installation et amusez-vous bien !

Bonne année 2019 !

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éClaircie 0.3

éClaircie est le moteur de blog statique, sans nuage et anti-traçage qui gère les Fleurs du Normal. Cette troisième version d' éClaircie supprime la dépendance à Sphinx qui causait de nombreux problèmes suite aux nombreux changements incompatibles et aux mauvais supports multilingues du moteur de recherche de Sphinx.

Vous pouvez télécharger la nouvelle version ici : Téléchargement sur PyPI.

Owlready2 0.13 est disponible !

Owlready2 est un module Python pour la programmation orientée ontologie. Il permet de charger des ontologies OWL 2.0 et de les manipuler de manière transparente en Python.

Cette nouvelle version corrige plusieurs bogues et diminutions de performance liés aux nouveaux quadstore introduit dans la version précédente.

Voici les modifications de la version 0.13 :

  • Bugfixes: - Fix performance regression due to suboptimal index in the quadstore - Fix messing up with IRI ending with a / - Fix error in World cloning - Fix the addition of Thing in class's parent when redefining a class with Thing as the only parent - Fix inverse_resctriction() - Add error message when creating an existent quadstore

La nouvelle version peut être téléchargé sur PyPI (Python Package Index) : https://pypi.python.org/pypi/Owlready2

Owlready2 0.12 est disponible !

Owlready2 est un module Python pour la programmation orientée ontologie. Il permet de charger des ontologies OWL 2.0 et de les manipuler de manière transparente en Python.

Cette nouvelle version majeure utilise un nouveau quadstore plus performant, testé jusqu'à 200 millions de triplets RDF (sur DBpedia). Le support de PostgresQL a été retiré car son intérêt était très limité (les performances étant bien moins bonnes qu'avec Sqlite3).

Voici les modifications de la version 0.12 :

  • New quadstore

  • Numerical search (NumS, e.g. all patients with age > 65)

  • Nested searches

  • Synchronization for multithreading support

  • Add Class.inverse_restrictions() and Class.direct_instances()

  • Drop PostgresQL support (little interest: more complex and slower than Sqlite3)

  • Bugfixes: - Fix call to _get_by_storid2 - Fix rdfs_subclassof in doc - Fix FTS triggers - Fix boolean in RDFlib / SPARQL - Fix bug when destroying an AnnotationProperty

La nouvelle version peut être téléchargé sur PyPI (Python Package Index) : https://pypi.python.org/pypi/Owlready2

Owlready2 0.11 est disponible !

Owlready2 est un module Python pour la programmation orientée ontologie. Il permet de charger des ontologies OWL 2.0 et de les manipuler de manière transparente en Python.

Cette nouvelle version apporte deux nouveautés majeures : le support du raisonneur Pellet et la recherche plein-texte optimisée.

Voici les modifications de la version 0.11 :

  • Optimized Full-Text Search

  • Support Pellet reasoner in addition to HermiT

  • Support loading of huge OWL files (incremental load)

  • Use Class.property.indirect() for indirect Class property (instead of Class.property)

  • Add reload and reload_if_newer parameters to Ontology.load()

  • search() is now much faster on properties that have inverse

  • Add shortcut for SOME ConstrainedDatatype: e.g. age >= 65

  • Bugfixes: - Fix creation of an individual that already exists in the quadstore - Fix missing import of EntityClass in class_construct.py - Fix World.save() with RDF/XML format - Fix Thing.subclasses() and Thing.descendants() - Fix ontology's update time for ontologies created de novo in Python with Owlready - Fix reasoning when asserting new parents with equivalent classes

La nouvelle version peut être téléchargé sur PyPI (Python Package Index) : https://pypi.python.org/pypi/Owlready2

L'embryon

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dans Voyages

Nouveau séjour au Sénégal

Troisième séjour au Sénégal, après ma mission d'enseignement en 2016 et la soutenance de thèse d'Appoh.

Passage obligé au désormais traditionnel hôtel Big Faim de Thiès, avant d'aller visité Sokone et la mangrove dans le Sine-Saloum. Puis retour vers le nord à Saly Portudal, pour l'atelier de validation des formations du futur Institut des Sciences et Techniques Avancées (ISTA) (j'ai participé en tant qu'expert international au groupe génétique moléculaire et bioinformatique), avec visite de la future Cité du Savoir à Diamniadio.

Un projet très ambitieux... mais que cela fait du bien d'entendre un ministre parler de création de nouvelles universités plutôt que de restrictions budgétaires !

dans Oiseaux

Oiseaux : Sénégal

Observation d'oiseaux au Sénégal (Sine-Saloum et Saly Portudal).

Espèces photographiées (4): Aigrette des récifs (x2), Choucador à longue queue (x2), Tisserin gendarme, Tourterelle maillée

Owlready2 0.10 est disponible !

Owlready2 est un module Python pour la programmation orientée ontologie. Il permet de charger des ontologies OWL 2.0 et de les manipuler de manière transparente en Python.

Cette nouvelle version corrige de nombreux bogues et apporte le support des métadonnées de l'ontologie. Elle introduit aussi l'utilisation de Cython, pour accélérer la lecture des fichiers RDF/XML et OWL/XML. Owlready2 est désormais capable de charger ces fichiers aussi rapidement que Java !

Voici les modifications de la version 0.10 :

  • Add Ontology.metadata for adding/querying ontology metadata

  • Allows multiple individual creations with the same name/IRI, now returning the same individuals

  • Add OwlReadyInconsistentOntologyError and Word.inconsistent_classes()

  • Implement RDF/XML and OWL/XML parsing in Cython (25% speed boost for parsing)

  • Small optimization

  • Extend individual.prop.indirect() to include relations asserted at the class level

  • Add .query_owlready() method to RDF graph

  • Bugfixes: - Fix reasoning when obtaining classes equivalent to nothing - Fix World creation with backend parameters - Fix error when adding property at the class definition level - Fix loading of ontology files with no extension from onto_path - Fix properties defined with type 'RDF Property' and subproperty of 'OWL Data/Object/Annotation Property' - Support old SQLite3 versions that do not accept WITHOUT ROWID - Fix reference to undeclared entities (they were replaced by None, now by their IRI) - Fix loading and saving ontologies whose base IRI ends with / - Fix RDF query using string

La nouvelle version peut être téléchargé sur PyPI (Python Package Index) : https://pypi.python.org/pypi/Owlready2

Journées du patrimoine au château de Posanges

Sortie très sympa : le château de Posanges est magnifique et entièrement restauré, le propriétaire est sympathique, et le public est au rendez-vous ! J'ai vraiment été surpris par la foule, comparé au nombre d'habitants du village (une soixantaine !). Le banquet restera un moment gravé dans ma mémoire, j'ai vu des étoiles dans les yeux de certains pendant que j'assurais l'animation musicale.

Un grand merci à Arthur pour l'orga et à Didier pour m'avoir pris dans sa voiture.