Le blog et site personnel de Jean-Baptiste Lamy (Jiba).
Mes romans "Le marchand d'avenir" (2025, Éditions du Lys Bleu) et "Sombre comme l'Aurore - La légende de Tienn Halidenn" (2019, Éditions du 38) sont disponibles !
Mon livre sur Python et les ontologies est disponible en français (Python et les ontologies) et en anglais (Ontologies with Python).
Bonne lecture !
Mise en ligne d'ABiMed 1.1
ABiMed (Aide au Bilan de Médication) est un logiciel pour aider les pharmaciens à réaliser des bilans de médication.
La version 1.1 d'ABiMed introduit l'éco-prescription et propose des conseils pour améliorer les ordonnances d'un point de vue environnemental.
ABiMed est disponible gratuitement sur https://abimed.fr
Mise en ligne d'ABiMed 1.0
ABiMed (Aide au Bilan de Médication) est un logiciel pour aider les pharmaciens à réaliser des bilans de médication, c'est-à-dire à réaliser une interview et un bilan avec le patient, pour remettre à plat le traitement et notamment «déprescrire» les médicaments devenus inutiles, dangereux ou redondants. Cela aboutit à une synthèse et des propositions de modification du traitement, qui sont transmises au médecin généraliste.
ABiMed est le résultat de 6 ans de recherche au LIMICS, sous ma direction.
ABiMed est disponible gratuitement sur https://abimed.fr
Owlready2 0.51 est disponible !
Owlready2 est un module Python pour la programmation orientée ontologie. Il permet de charger des ontologies OWL 2.0 et de les manipuler de manière transparente en Python.
Voici les modifications :
Optimize SPARQL queries
Allows manual SPARQL optimization using INDEXED BY SUBJECT or OBJECT keywords
Support for JSON datatype (list or dict)
Support for JSON_EXTRACT() extra SPARQL function
Experimental support for triple term (for RDF 1.2)
When extracting UMLS, add UMLS version in PYM.metadata.versionInfo
Update Xerces JAR file in Pellet, to avoid vulnerability
Bugfixes:
Fix NQuads format to behave as expected: graph label at the end (and not at the beginning)
La nouvelle version peut être téléchargé sur PyPI (Python Package Index) : https://pypi.python.org/pypi/Owlready2
Nouvel article pré-publié "A protocol model for simulation trials evaluating clinical decision support systems"
J'ai pré-publié un nouvel article :
[p8] Lamy JB, Abi Khalil C, Dubois S, Falcoff H, Meneton P, Redjdal A, Séroussi B, Saab A. A protocol model for simulation trials evaluating clinical decision support systems. Preprint 2026
Owlready2 0.50 est disponible !
Owlready2 est un module Python pour la programmation orientée ontologie. Il permet de charger des ontologies OWL 2.0 et de les manipuler de manière transparente en Python.
Cette nouvelle corrige une faille de sécurité dans Pellet (NB en pratique, cette faille concerne seulement les appels directs à Pellet, mais pas ceux passant par Owlready) et améliore la terminologie CIM10 en français.
Voici les modifications :
Improve French ICD10 import to support the RDF format from ATIH (now the default)
Improve French ICD10 import with management of sub-codes defined by modifers (CLAML format)
Fix vulnerability CVE-2021-39239 in Jena (used by Pellet) This vulnerability concerns XML parsing but Owlready2 does not use XML for communicating with Pellet (it uses NTriple) For more security, XMLRDF loading has been disabled in Jena
Fix for Python 3.14 (tests, Cython-optimized module)
Bugfixes:
Fix ontology loading from file object inside a Zip file
Fix test test_parallel_4
La nouvelle version peut être téléchargé sur PyPI (Python Package Index) : https://pypi.python.org/pypi/Owlready2
Owlready2 0.49 est disponible !
Owlready2 est un module Python pour la programmation orientée ontologie. Il permet de charger des ontologies OWL 2.0 et de les manipuler de manière transparente en Python.
Cette nouvelle version inclut des optimizations, des corrections de bogues, et des améliorations dans le moteur SPARQL et la gestion des terminologies.
Voici les modifications :
Support custom Python-defined SPARQL functions (thanks Ehe)
Optimize STATIC SPARQL extention when used in simple union
Optimize SPARQL simple UNION on literals and paramaters
Support SPARQL queries using GROUP BY, HAVING, ORDER BY, LIMIT and/or OFFSET in subqueries
Support ORDER BY in SPARQL GROUP_CONCAT() aggregate function
Permits to customize XMLNS abbreviation for ontologies
Bugfixes:
Fix usage of OWL classes as individual's attribute value (e.g. individual.attribute = Class)
Fix BOUND() SPARQL function
Fix SPARQL queries with 2 recursive parts that refer to each other
Fix SPARQL queries with FILTER referring to variables inside a recursive part
Fix FILTER NOT EXISTS in SPARQL when using new variables
Fix string escape in dataproperty when using the Pellet reasoner (thanks Max Cutlyp)
La nouvelle version peut être téléchargé sur PyPI (Python Package Index) : https://pypi.python.org/pypi/Owlready2
