Logiciels (libres de préférence), programmation,...
Owlready2 0.43 est disponible !
Owlready2 est un module Python pour la programmation orientée ontologie. Il permet de charger des ontologies OWL 2.0 et de les manipuler de manière transparente en Python.
Cette version inclut un changement incompatible avec les précédentes: les literaux avec des languages différents sont désormais considérés comme différents. Par exemple:
locstr("Test", "en") != "Test"
locstr("Test", "en") != locstr("Test", "fr")
ce n'était pas le cas dans les versions précédentes, et cela causait des bogues et des confusion entre literaux.
J'en profite pour mentionner un nouveau projet: FullPy est un module Python pour concevoir des applications web entièrement en Python. Il utilise Owlready pour la persistance et la sémantique des données. Pour plus d'informations sur FullPy sont disponibles ici :
Suite à un bogue de dernière minute, il n'y a pas de version 0.42.
Voici les modifications :
INCOMPATIBLE CHANGE: Consider literal with different language as different
Support GRAPH clauses in SPARQL queries
World now supports custom lock (e.g. World(lock = ...))
Bugfixes: - Fix World(enable_thread_parallelism = True) (was named enable_gevent) - Fix blank nodes in rdflib_store - Fix FILTER in SPARQL when the filter was just after a recursive query - Fix recursive query in SPARQL involving variables in their right part - Fix SPARQL query with annotations containing entities - Fix property creation when using a Union in the '>>' syntax (e.g. class Prop((MyClass | MyOtherClass) >> str): pass) - Fix UMLS extraction in PyMedTermino2 - Fix Class IRI with brackets (or other special characters) when writing RDF/XML file
La nouvelle version peut être téléchargé sur PyPI (Python Package Index) : https://pypi.python.org/pypi/Owlready2
FullPy 0.1 est disponible !
FullPy est un module Python pour développer des applications web client-server sémantiques, entièrement en Python.
Ceci est la première version de FullPy.
FullPy peut être téléchargé sur PyPI (Python Package Index) : https://pypi.python.org/pypi/fullpy
Owlready2 0.41 est disponible !
Owlready2 est un module Python pour la programmation orientée ontologie. Il permet de charger des ontologies OWL 2.0 et de les manipuler de manière transparente en Python.
Cette version introduit un travail sur la parallélisation à base de threads. La lecture de gros fichiers OWL est désormais plus rapide (~ 25% plus rapide avec GO), et Owlready peut exécuter des requêtes SPARQL de manière parallélisée. Se référer à la doc plus plus d'info (https://owlready2.readthedocs.io/en/latest/sync.html).
Voici les modifications :
Parallelized huge OWL file parsing (about 25% faster on GO)
Parallelized SPARQL queries (see owlready2.sparql.execute_many() and execute(spawn = True))
Bugfixes: - Fix Class.INDIRECT_get_class_properties() with restriction on Inverse(Prop) - Fix Restriction of type HasSelf - Fix delattr in destroy_entity() - Fix blank nodes importation from RDFlib - Fix ', + and - in FTS search
La nouvelle version peut être téléchargé sur PyPI (Python Package Index) : https://pypi.python.org/pypi/Owlready2
Owlready2 0.40 est disponible !
Owlready2 est un module Python pour la programmation orientée ontologie. Il permet de charger des ontologies OWL 2.0 et de les manipuler de manière transparente en Python.
Voici les modifications :
General class axiom support
Update Log4J in Pellet for security purpose
Add get_lang_first() for annotations.
Bugfixes: - Add trailing / to ontology URL if missing - Fix Individual.is_a when loading ontologies with individuals belonging to two classes, one being the descendant of the other - Fix datetime to make them XSD-compatible (thanks Lukas Müller) - Ensure that Things are properly initialized so that the __init__ method can be safely overwritten (thanks Lukas Müller) - Fix destroy_entity()
La nouvelle version peut être téléchargé sur PyPI (Python Package Index) : https://pypi.python.org/pypi/Owlready2
Owlready2 0.39 est disponible !
Owlready2 est un module Python pour la programmation orientée ontologie. Il permet de charger des ontologies OWL 2.0 et de les manipuler de manière transparente en Python.
Voici les modifications :
Make RDF triple deletion non-ontology-specific
Faster creation of individual with property value (e.g. MyClass(prop = [value]))
Bugfixes: - Fix entity.prop.remove(x) and entity.prop = x when existing values are defined in another ontology than the entity - Fix inverse property update when referenced entity is destroyed (thanks Franzlst) - Prevent reasoners from reparenting OWL base entities such as Thing - Fix the reloading of an ontology that has been destroyed, when a local filename is provided as the ontology base IRI - Fix destroying object property involved in a property chain - Fix reloading of ontologies when the IRI of the ontology was a local filename - Fix SELECT * in SPARQL coumpound queries - Fix Class.get_class_properties() when some properties are defined as restriction on an Inverse property - Fix for RDFlib 0.6.2 (supports bind() override optional argument)
La nouvelle version peut être téléchargé sur PyPI (Python Package Index) : https://pypi.python.org/pypi/Owlready2
Owlready2 0.38 est disponible !
Owlready2 est un module Python pour la programmation orientée ontologie. Il permet de charger des ontologies OWL 2.0 et de les manipuler de manière transparente en Python.
Voici les modifications :
Accepts localized language codes, such as fr_FR or fr_BE, and wildcard fr_any
Add 'update_is_a' optional args to Ontology.destroy()
Bugfixes: - Fix individual.INVERSE_prop update when prop is functional - Fix performance regression on complex SPARQL queries with OPTIONAL - Fix declare_datatype after a World has been closed - Fix Pellet reasoning on blank nodes (ignoring them) - Fix Pellet reasoning on strings data property that include comma "," - Fix boolean constant 'true' and 'false' in SPARQL engine - Fix INSERT SPARQL queries with UNION that insert RDF triples without variables - Fix SPARQL queries with only a FILTER NOT EXISTS in the WHERE part - Accept empty lines at the beginning of NTriple files - Support non-ASCII characters when parsing SWRL rules
La nouvelle version peut être téléchargé sur PyPI (Python Package Index) : https://pypi.python.org/pypi/Owlready2
Owlready2 0.37 est disponible !
Owlready2 est un module Python pour la programmation orientée ontologie. Il permet de charger des ontologies OWL 2.0 et de les manipuler de manière transparente en Python.
Voici les modifications :
Add World.forget_reference(entity)
Add NamedIndividual (for SPARQL results on rdf:type)
Add 'update_relation' optional args to Ontology.destroy()
Add Ontology.set_base_iri() and Ontology.base_iri = "new_base_iri"
Bugfixes: - Fix SPARQL queries having a UNION but using no variable from the UNION - Fix SPARQL queries on read only quadstores - Fix SPARQL queries mixing OPTIONAL and VALUES / STATIC - Fix property defined as a subproperty of TransitiveProperty (and the like), but not of type ObjectProperty - Fix importlib.reload(owlready2) - Fix RDF/XML serialization of individuals whose class name start by a digit - Fix RDF/XML serialization when ontology base IRI ends with / - Fix Or.Classes = ... and And.Classes = ... - Fix ONLY class properties with more than two values
La nouvelle version peut être téléchargé sur PyPI (Python Package Index) : https://pypi.python.org/pypi/Owlready2
Owlready2 0.36 est disponible !
Owlready2 est un module Python pour la programmation orientée ontologie. Il permet de charger des ontologies OWL 2.0 et de les manipuler de manière transparente en Python.
Voici les modifications :
Support xsd:duration, including DATETIME_DIFF(), DATETIME_ADD(), DATETIME_SUB() SPARQL non-standard functions
Faster ontology operation (e.g. ontology deletion) on big quadstores
Automatically add .owl, .rdf or .xml to ontology IRI if the IRI itself does not yield an OWL file
Bugfixes: - Fix FusionClasses (= individuals belonging to several classes, i.e. multiple instanciation) when using several worlds - Fix OPTIONAL SPARQL clause when guessing variable types - Fix typo in undo entity destruction (thanks Lukas Westhofen) - Fix IRI from OWL namespace in SWRL rules - Fix Pellet explanation on inconsistent ontology - Fix MEDDRA parent-child relation of LLT in PyMedTermino2 - Make sure the filename is a file before returning (Thanks Nicolas Rouquette)
La nouvelle version peut être téléchargé sur PyPI (Python Package Index) : https://pypi.python.org/pypi/Owlready2
Owlready2 0.35 est disponible !
Owlready2 est un module Python pour la programmation orientée ontologie. Il permet de charger des ontologies OWL 2.0 et de les manipuler de manière transparente en Python.
Voici les modifications :
SPARQL optimizations
Support for VALUES in SPARQL
Add STATIC optimization keyword extension to SPARQL
Accept GROUP BY, HAVING, LIMIT in INSERT and DELETE SPARQL query
Add the STORID(iri), DATE(), TIME() and DATETIME() SPARQL function
UMLS CUI are now hierarchized by Semnatic Types (TUI)
Improved parallelism
Bugfixes: - Fix 'sqlite3.OperationalError: circular reference: prelim1_objs' in .instances(), caused by a bug in old versions of SQLite3 - Fix SPARQL INSERT query with data parameters in the INSERT clause - Fix RDF list parsing when the list includes the integer number 5 - Fix nb_parameter in SPARQL query when numbered parameters are used - Fix ObjectProperty.subclasses(), ObjectProperty.descendants(), Property.subclasses(), DataProperty.descendants(), AnnotationProperty.subclasses(), AnnotationProperty.descendants() - Fix declare_datatype() for datatype already used in Owlready, such as AnyURI - Fix Pellet on properties having annotations that are not declared in the loaded ontologies
La nouvelle version peut être téléchargé sur PyPI (Python Package Index) : https://pypi.python.org/pypi/Owlready2
Owlready2 0.34 est disponible !
Owlready2 est un module Python pour la programmation orientée ontologie. Il permet de charger des ontologies OWL 2.0 et de les manipuler de manière transparente en Python.
Voici les modifications :
NEW FORUM ADDRESS: http://owlready.306.s1.nabble.com
Support SPARQL property path expressions with parentheses without sequences, repeats or negative property set nested inside repeats
Add define_datatype_in_ontology() global function for defining a new user-defined datatype in an ontology
Class.instances() now takes into account equivalent classes (like other class methods such as .descendants())
Add the LOADED(iri) SPARQL function
Support Thing.is_a.append(...)
Faster loading of very large quadstores
list(onto.metadata) now lists the annotations present on the ontology
Add OntologyClass and NamespaceClass argument to get_ontology() and get_namespace(), allowing the use of custom classes
Bugfixes: - Accept UTF8 and latin encoding from reasoners (thanks Francesco Compagno) - Fix SPARQL query with a UNION without variables - Fix semantic type support in UMLS
La nouvelle version peut être téléchargé sur PyPI (Python Package Index) : https://pypi.python.org/pypi/Owlready2
Owlready2 0.33 est disponible !
Owlready2 est un module Python pour la programmation orientée ontologie. Il permet de charger des ontologies OWL 2.0 et de les manipuler de manière transparente en Python.
Voici les modifications :
Bugfixes: - Fix 'sqlite3.OperationalError: no such table: sqlite_schema' with SQLite3 < 0.33
La nouvelle version peut être téléchargé sur PyPI (Python Package Index) : https://pypi.python.org/pypi/Owlready2
Owlready2 0.32 est disponible !
Owlready2 est un module Python pour la programmation orientée ontologie. Il permet de charger des ontologies OWL 2.0 et de les manipuler de manière transparente en Python.
Voici les modifications :
Add scripts to import OMOP-CDM as an ontology (see directory pymedtermino2/omop_cdm/)
SPARQL engine optimization
Bugfixes: - Fix name clash when creating individuals from classes whose names end with a number, e.g. "c1" + "1" vs "c" + "11" - Fix block with only a FILTER in SPARQL
La nouvelle version peut être téléchargé sur PyPI (Python Package Index) : https://pypi.python.org/pypi/Owlready2
Owlready2 0.31 est disponible !
Owlready2 est un module Python pour la programmation orientée ontologie. Il permet de charger des ontologies OWL 2.0 et de les manipuler de manière transparente en Python.
Cette version permet d'ouvrir des points de contact SPARQL (endpoints) avec le nouveau moteur SPARQL, et corrige plusieurs bogues, notamment dans le moteur SPARQL.
Voici les modifications :
Can open SPARQL endpoints (see module owlready2.sparql.endpoint and doc)
Support ClaML file format in PyMedTermino2 for French ICD10
Bugfixes: - Fix prefix in SPARQL that does not correspond to an existing ontology - Fix ! in SPARQL FILTER - Fix Thing.subclasses() so as it now returns classes that have parent constructs but no parent named classes - Fix metaclass of FusionClass when creating individuals belonging to several classes, including one from PyMedTermino - Fix Prop[individual] for functional properties with no relation for the given individual
La nouvelle version peut être téléchargé sur PyPI (Python Package Index) : https://pypi.python.org/pypi/Owlready2
Owlready2 0.30 est disponible !
Owlready2 est un module Python pour la programmation orientée ontologie. Il permet de charger des ontologies OWL 2.0 et de les manipuler de manière transparente en Python.
Cette version apporte deux nouveautés :
Un moteur SPARQL qui traduit les requêtes en SQL. Ce moteur est beaucoup plus rapide que celui de RDFlib (environ 60x), il n'a aucune dépendance et un temps de chargement plus réduit. Il supporte actuellement un sous-ensemble de SPARQL : requêtes SELECT, INSERT et DELETE, sous-requêtes, mots-clefs UNION, OPTIONAL, FILTER, BIND, FILTER EXISTS, FILTER NOT EXISTS, toutes les fonctions de SPARQL, la notation des noeuds anonymes avec des crochets, ex. ‘[ a XXX]’, et les expressions de chemin (property path expressions) sauf celles avec des parenthèses.
Ce nouveau moteur s'utilise ainsi (voir la documentation) :
list(default_world.sparql("""<query>"""))Le support de Dublin Core via une traduction en OWL intégrée. Il est possible de charger directement Dublin Core ainsi :
dc = get_ontology("http://purl.org/dc/elements/1.1").load()
Voici les modifications :
New native SPARQL engine that translates SPARQL queries to SQL
Direct support for Dublin Core via the integration of an OWL translation
Bugfixes: - Fix RecursionError when saving very deep ontologies to RDF/XML - Fix IRI of the form 'urn:uuid:...' - Fix loading ontologies that modify an imported property
La nouvelle version peut être téléchargé sur PyPI (Python Package Index) : https://pypi.python.org/pypi/Owlready2