Logiciels (libres de préférence), programmation,...

Owlready2 0.37 est disponible !

Owlready2 est un module Python pour la programmation orientée ontologie. Il permet de charger des ontologies OWL 2.0 et de les manipuler de manière transparente en Python.

Voici les modifications :

  • Add World.forget_reference(entity)

  • Add NamedIndividual (for SPARQL results on rdf:type)

  • Add 'update_relation' optional args to Ontology.destroy()

  • Add Ontology.set_base_iri() and Ontology.base_iri = "new_base_iri"

  • Bugfixes: - Fix SPARQL queries having a UNION but using no variable from the UNION - Fix SPARQL queries on read only quadstores - Fix SPARQL queries mixing OPTIONAL and VALUES / STATIC - Fix property defined as a subproperty of TransitiveProperty (and the like), but not of type ObjectProperty - Fix importlib.reload(owlready2) - Fix RDF/XML serialization of individuals whose class name start by a digit - Fix RDF/XML serialization when ontology base IRI ends with / - Fix Or.Classes = ... and And.Classes = ... - Fix ONLY class properties with more than two values

La nouvelle version peut être téléchargé sur PyPI (Python Package Index) : https://pypi.python.org/pypi/Owlready2

Owlready2 0.36 est disponible !

Owlready2 est un module Python pour la programmation orientée ontologie. Il permet de charger des ontologies OWL 2.0 et de les manipuler de manière transparente en Python.

Voici les modifications :

  • Support xsd:duration, including DATETIME_DIFF(), DATETIME_ADD(), DATETIME_SUB() SPARQL non-standard functions

  • Faster ontology operation (e.g. ontology deletion) on big quadstores

  • Automatically add .owl, .rdf or .xml to ontology IRI if the IRI itself does not yield an OWL file

  • Bugfixes: - Fix FusionClasses (= individuals belonging to several classes, i.e. multiple instanciation) when using several worlds - Fix OPTIONAL SPARQL clause when guessing variable types - Fix typo in undo entity destruction (thanks Lukas Westhofen) - Fix IRI from OWL namespace in SWRL rules - Fix Pellet explanation on inconsistent ontology - Fix MEDDRA parent-child relation of LLT in PyMedTermino2 - Make sure the filename is a file before returning (Thanks Nicolas Rouquette)

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Owlready2 0.35 est disponible !

Owlready2 est un module Python pour la programmation orientée ontologie. Il permet de charger des ontologies OWL 2.0 et de les manipuler de manière transparente en Python.

Voici les modifications :

  • SPARQL optimizations

  • Support for VALUES in SPARQL

  • Add STATIC optimization keyword extension to SPARQL

  • Accept GROUP BY, HAVING, LIMIT in INSERT and DELETE SPARQL query

  • Add the STORID(iri), DATE(), TIME() and DATETIME() SPARQL function

  • UMLS CUI are now hierarchized by Semnatic Types (TUI)

  • Improved parallelism

  • Bugfixes: - Fix 'sqlite3.OperationalError: circular reference: prelim1_objs' in .instances(), caused by a bug in old versions of SQLite3 - Fix SPARQL INSERT query with data parameters in the INSERT clause - Fix RDF list parsing when the list includes the integer number 5 - Fix nb_parameter in SPARQL query when numbered parameters are used - Fix ObjectProperty.subclasses(), ObjectProperty.descendants(), Property.subclasses(), DataProperty.descendants(), AnnotationProperty.subclasses(), AnnotationProperty.descendants() - Fix declare_datatype() for datatype already used in Owlready, such as AnyURI - Fix Pellet on properties having annotations that are not declared in the loaded ontologies

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Owlready2 0.34 est disponible !

Owlready2 est un module Python pour la programmation orientée ontologie. Il permet de charger des ontologies OWL 2.0 et de les manipuler de manière transparente en Python.

Voici les modifications :

  • NEW FORUM ADDRESS: http://owlready.306.s1.nabble.com

  • Support SPARQL property path expressions with parentheses without sequences, repeats or negative property set nested inside repeats

  • Add define_datatype_in_ontology() global function for defining a new user-defined datatype in an ontology

  • Class.instances() now takes into account equivalent classes (like other class methods such as .descendants())

  • Add the LOADED(iri) SPARQL function

  • Support Thing.is_a.append(...)

  • Faster loading of very large quadstores

  • list(onto.metadata) now lists the annotations present on the ontology

  • Add OntologyClass and NamespaceClass argument to get_ontology() and get_namespace(), allowing the use of custom classes

  • Bugfixes: - Accept UTF8 and latin encoding from reasoners (thanks Francesco Compagno) - Fix SPARQL query with a UNION without variables - Fix semantic type support in UMLS

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Owlready2 0.33 est disponible !

Owlready2 est un module Python pour la programmation orientée ontologie. Il permet de charger des ontologies OWL 2.0 et de les manipuler de manière transparente en Python.

Voici les modifications :

  • Bugfixes: - Fix 'sqlite3.OperationalError: no such table: sqlite_schema' with SQLite3 < 0.33

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Owlready2 0.32 est disponible !

Owlready2 est un module Python pour la programmation orientée ontologie. Il permet de charger des ontologies OWL 2.0 et de les manipuler de manière transparente en Python.

Voici les modifications :

  • Add scripts to import OMOP-CDM as an ontology (see directory pymedtermino2/omop_cdm/)

  • SPARQL engine optimization

  • Bugfixes: - Fix name clash when creating individuals from classes whose names end with a number, e.g. "c1" + "1" vs "c" + "11" - Fix block with only a FILTER in SPARQL

La nouvelle version peut être téléchargé sur PyPI (Python Package Index) : https://pypi.python.org/pypi/Owlready2

Owlready2 0.31 est disponible !

Owlready2 est un module Python pour la programmation orientée ontologie. Il permet de charger des ontologies OWL 2.0 et de les manipuler de manière transparente en Python.

Cette version permet d'ouvrir des points de contact SPARQL (endpoints) avec le nouveau moteur SPARQL, et corrige plusieurs bogues, notamment dans le moteur SPARQL.

Voici les modifications :

  • Can open SPARQL endpoints (see module owlready2.sparql.endpoint and doc)

  • Support ClaML file format in PyMedTermino2 for French ICD10

  • Bugfixes: - Fix prefix in SPARQL that does not correspond to an existing ontology - Fix ! in SPARQL FILTER - Fix Thing.subclasses() so as it now returns classes that have parent constructs but no parent named classes - Fix metaclass of FusionClass when creating individuals belonging to several classes, including one from PyMedTermino - Fix Prop[individual] for functional properties with no relation for the given individual

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Owlready2 0.30 est disponible !

Owlready2 est un module Python pour la programmation orientée ontologie. Il permet de charger des ontologies OWL 2.0 et de les manipuler de manière transparente en Python.

Cette version apporte deux nouveautés :

  • Un moteur SPARQL qui traduit les requêtes en SQL. Ce moteur est beaucoup plus rapide que celui de RDFlib (environ 60x), il n'a aucune dépendance et un temps de chargement plus réduit. Il supporte actuellement un sous-ensemble de SPARQL : requêtes SELECT, INSERT et DELETE, sous-requêtes, mots-clefs UNION, OPTIONAL, FILTER, BIND, FILTER EXISTS, FILTER NOT EXISTS, toutes les fonctions de SPARQL, la notation des noeuds anonymes avec des crochets, ex. ‘[ a XXX]’, et les expressions de chemin (property path expressions) sauf celles avec des parenthèses.

    Ce nouveau moteur s'utilise ainsi (voir la documentation) :

    list(default_world.sparql("""<query>"""))
  • Le support de Dublin Core via une traduction en OWL intégrée. Il est possible de charger directement Dublin Core ainsi :

    dc = get_ontology("http://purl.org/dc/elements/1.1").load()

Voici les modifications :

  • New native SPARQL engine that translates SPARQL queries to SQL

  • Direct support for Dublin Core via the integration of an OWL translation

  • Bugfixes: - Fix RecursionError when saving very deep ontologies to RDF/XML - Fix IRI of the form 'urn:uuid:...' - Fix loading ontologies that modify an imported property

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Owlready2 0.29 est disponible !

Owlready2 est un module Python pour la programmation orientée ontologie. Il permet de charger des ontologies OWL 2.0 et de les manipuler de manière transparente en Python.

Voici les modifications :

  • Bugfixes: - Fix installation as a requirement of another Python module

La nouvelle version peut être téléchargé sur PyPI (Python Package Index) : https://pypi.python.org/pypi/Owlready2

Owlready2 0.28 est disponible !

Owlready2 est un module Python pour la programmation orientée ontologie. Il permet de charger des ontologies OWL 2.0 et de les manipuler de manière transparente en Python.

Cette version corrige un problème d'installation sous Windows, et améliore également l'exécution des raisonneurs sous Windows (pas d'apparition de fenêtre DOS).

Voici les modifications :

  • Fix installation under Windows (contributed by CVK)

  • Under Windows, run the reasoners without opening a DOS windows

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Owlready2 0.27 est disponible !

Owlready2 est un module Python pour la programmation orientée ontologie. Il permet de charger des ontologies OWL 2.0 et de les manipuler de manière transparente en Python.

Voici les modifications :

  • When Pellet is called with debug >= 2 on an inconsistent ontology, Pellet explain output is displayed (contributed by Carsten Knoll)

  • Update doc theme (contributed by Carsten Knoll)

  • Adapt setup.py to allow 'python setup.py develop' and 'pip install -e .' (contributed by Carsten Knoll)

  • Add 'url' argument to Ontology.load() method

  • Add 'read_only' argument to World.set_backend() method

  • Bugfixes: - Fix XML/RDF file parsing/writing for entity having ':' in their name - Fix destroy_entity(), was leaking some RDF triples when class contructs or equivalent_to were involved - Fix 'Class1(entityname); Class2(entityname)' (was changing the individual namespace) - Fix annotation request on RDF annotation properties, e.g. label.label

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Livre en anglais "Ontologies with Python"

Ontologies with Python, Jean-Baptiste Lamy, Apress Éditions, 350 pages

Mon livre "Ontologies with Python" vient de sortir aux éditions Apress.

Ce livre (350 pages) s'adresse à toute personne qui souhaite apprendre à utiliser le langage Python (en version 3) et le module Owlready2 pour manipuler et construire des ontologies, c'est-à-dire des connaissances structurées accessibles par un ordinateur, dans le but de les publier sous forme de sites web dynamiques et d'effectuer des raisonnements automatiques. Il intéressera plus particulièrement les informaticiens et développeurs pour le web sémantique ou encore les scientifiques dans le domaine de l'intelligence artificielle ou du biomédical.

Il s'agit d'une traduction mise à jour du livre "Python et les ontologies" paru en français chez ENI éditions.

Plus d'informations sur le site de l'éditeur :

https://www.apress.com/fr/book/9781484265512

Owlready2 0.26 est disponible !

Owlready2 est un module Python pour la programmation orientée ontologie. Il permet de charger des ontologies OWL 2.0 et de les manipuler de manière transparente en Python.

Cette nouvelle version inclut un nouveau module pour afficher les entités en Logiques de Description (DL), et des corrections de bogues.

Voici les modifications :

  • Module owlready2.dl_render allows rendering entities to Description Logics (contributed by Simon Bin)

  • Bugfixes: - Adjustment in the comparison of strings from SameAs and DiferrentFrom, allowing equal comparison regardless of the case-sensitive (contributed by Thiago Feijó) - Fix transitive equivalent_to relations between classes and OWL constructs - Fix AnnotationProperty[entity] where entity is a predefined OWL entity (e.g. comment or Thing) - Fix entity.AnnotationProperty where entity is a predefined OWL entity (e.g. comment or Thing) - Fix HermiT when reasoning on several ontologies with imports statement - Ignore "A type A", with a warning

La nouvelle version peut être téléchargé sur PyPI (Python Package Index) : https://pypi.python.org/pypi/Owlready2

Owlready2 0.25 est disponible !

Owlready2 est un module Python pour la programmation orientée ontologie. Il permet de charger des ontologies OWL 2.0 et de les manipuler de manière transparente en Python.

Cette nouvelle version inclut plusieurs nouveautés, et des corrections de bogues.

Voici les modifications :

  • Allow the declaration of custom datatypes with declare_datatype()

  • Support the annotation of annotations (e.g. a comment on a comment)

  • search() now support the "subproperty_of" argument

  • search() now support the "bm25" argument (for full-text searches)

  • Bugfixes: - Fix Concept.descendant_concepts() in PymedTermino2 - Update already loaded properties when new ontologies are loaded - Now accept %xx quoted characters in file:// URL - Improve error message on punned entities - Property.get_relations() now considers inverse properties - Fix "AttributeError: 'mappingproxy' object has no attribute 'pop'" error - Fix Thing.instances()

La nouvelle version peut être téléchargé sur PyPI (Python Package Index) : https://pypi.python.org/pypi/Owlready2