J'ai présenté mes travaux sur l'utilisation des boîtes arc-en-ciel pour déterminer les synergies entre médicaments à ICIMTH 2020.

Mon article était intitulé "Visualization of potential drug synergies". Il est disponible ici et la présentation ci-dessous en vidéo :

icimth_video.mp4

Et j'ai obtenu un prix du meilleur article (Best paper award) !

Mes étudiants et collègues ont également présenté quatre papiers :

• Saab A, Saikali M, Lamy JB : Comparison of machine learning algorithms for classifying adverse-event related 30-day hospital readmissions: Potential implications for patient safety

• Diallo AH, Camara G, Lo M, Diagne I, Lamy JB : Iconic visualization of sickle cell patients current and past health status

• Mouazer A, Sedki K, Tsopra R, Lamy JB : Visualization of drug interactions for supporting medication review

• Sedki K, Lakrafli C, Lamy JB, Tsopra R : An approach based on preference learning for identifying experts reasoning in antibiotic treatment

J'ai publié un nouvel article :

[j60] Bouaud J, Pelayo S, Lamy JB, Prébet C, Ngo C, Teixeira L, Guezennec G, Séroussi B. Implementation of an ontological reasoning to support the guideline-based management of primary breast cancer patients in the DESIREE project. Artificial Intelligence in Medicine 2020;108:101922

J'ai pré-publié un nouvel article :

[p1] Lamy JB. A data science approach to drug safety: Semantic and visual mining of adverse drug events from clinical trials of pain treatments. Arxiv preprint arxiv:2006.16910 2020

J'ai publié un nouvel article :

[j54] Lamy JB, Sedki K, Tsopra R. Explainable decision support through the learning and visualization of preferences from a formal ontology of antibiotic treatments. Journal of Biomedical Informatics 2020;104C:103407

J'ai publié un nouvel article :

[j50] Toure S, Mbaye F, Gueye MD, Fall M, Dem A, Lamy JB, Sembene M. Somatic mitochondrial mutations in oral cavity cancers among senegalese patients. Asian Pacific journal of cancer prevention (APJCP) 2019;20(7):2203-2208

J'ai présenté mes travaux sur l'aide à la décision visuelle pour le traitement du cancer du sein dans le projet DESIREE, au congrès EGC 2020 à Bruxelles.

Mon papier était intitulé "Intelligence artificielle explicable pour le cancer du sein : Une approche visuelle de raisonnement à partir de cas". Il est disponible ici et la présentation là.

J'ai également participé à l'atelier Visualisation d'informations, interaction et fouille de données (VIF) organisé lors d'EGC, où j'ai présenté des travaux préliminaires intitulés "Combiner arbres phylogénétiques et visualisation d’ensembles" (disponible ici et la présentation là).

J'ai publié un nouvel article :

[j53] Tsopra R, Courtine M, Sedki K, Eap D, Cabal M, Cohen S, Bouchaud O, Mechaï F, Lamy JB. AntibioGame®: A serious game for teaching medical students about antibiotic use. International Journal of Medical Informatics 2020;136:104074

J'ai présenté mes travaux sur l'aide à la décision visuelle pour le traitement du cancer du sein, lors du congrès ICABME 2019 à Tripoli.

Mon papier était intitulé "Hierarchical visual case-based reasoning for supporting breast cancer therapy". Il est disponible ici et la présentation là.

J'ai publié un nouvel article :

[j49] Séroussi B, Lamy JB, Prebet C, Ngo C, Teixeira L, Ugarriza A, Sekar B, Larburu N, Muro N, Guézennec G, Bouaud J. Une plateforme multimodale d’aide à la décision : Application à la prise en charge du cancer du sein dans le cadre du projet DESIREE. Technique et Science Informatiques (TSI) 2019;accepté

J'ai présenté mes travaux sur l'utilisation d'icônes VCM pour naviguer dans les terminologies médicales, notamment en pharmacovigilance, lors de MEDINFO 2019.

Mon article était intitulé "An iconic approach to the browsing of medical terminologies". Il est disponible ici et la présentation là.

Et j'ai obtenu le prix du meilleur article (Best paper award, premier prix) !

Mon livre "Python et les ontologies" est sorti aux éditions ENI.

Ce livre (310 pages) s'adresse à toute personne qui souhaite apprendre à utiliser le langage Python (en version 3) et le module Owlready2 pour manipuler et construire des ontologies, c'est-à-dire des connaissances structurées accessibles par un ordinateur, dans le but de les publier sous forme de sites web dynamiques et d'effectuer des raisonnements automatiques. Il intéressera plus particulièrement les informaticiens et développeurs pour le web sémantique ou encore les scientifiques dans le domaine de l'intelligence artificielle ou du biomédical.

Après une introduction sur les ontologies et sur le module Owlready qui permet la programmation orientée ontologie, les deux chapitres qui suivent donnent au lecteur quelques rappels sur Python et sur les ontologies OWL. L'auteur présente ensuite les bases d'Owlready et montre comment accéder à des ontologies existantes en Python, comment en créer et en modifier et comment gérer des classes et des constructeurs logiques.

Deux chapitres sont ensuite consacrés à des fonctions spécifiques que peuvent offrir les ontologies : le raisonnement automatique et la gestion du texte (multilinguisme, recherche textuelle). Pour finir, l'auteur traite de points plus spécifiques comme les terminologies médicales, la création de classes mixtes Python-OWL et l'accès direct aux triplets RDF.

Basé notamment sur de nombreux exemples d'applications en lien avec le domaine biomédical, ce livre montre comment construire une petite ontologie des bactéries, comment l'intégrer à un site web dynamique et comment l'utiliser pour l'aide à la décision. D'autres exemples s'appuient sur des ontologies et des ressources de référence telles que Gene Ontology, UMLS (Unified Medical Language System) et DBpedia.

A l'issue de la lecture de ce livre, le lecteur sera ainsi en mesure d'intégrer des ontologies à ses applications et sites web Python. Des éléments complémentaires sont disponibles en téléchargement.

Plus d'informations sur le site de l'éditeur :

https://www.editions-eni.fr/livre/python-et-les-ontologies-9782409020223

J'ai présenté mes travaux sur les boîtes arc-en-ciel au congrès International Conference Information Visualisation (iV) 2019.

Le premier article est intitulé "Visual explanation of simple neural networks using interactive rainbow boxes" et disponible ici et la présentation là.

Le second article est intitulé "Proportional visualization of genotypes and phenotypes with rainbow boxes: methods and application to sickle cell disease" et disponible ici et la présentation là. Il s'agit d'un travail en collaboration avec un doctorant et des collègues Sénégalais et le CERPAD.

J'ai présenté des travaux sur l'apprentissage de préférences au congrès Ingénierie des Connaissances (IC) 2019, lors de la Plateforme Francophone d'Intelligence Artificiel (PFIA).

L'article est intitulé "Apprentissage de préférences à partir d'une ontologie formelle : méthodes et application en antibiothérapie" et disponible ici et la présentation là.

J'ai publié un nouvel article :

[j51] Lamy JB, Tsopra R. RainBio: Proportional visualization of large sets in biology. IEEE Transactions on Visualization and Computer Graphics 2020;26(11):3285-3298