J'ai présenté mes travaux sur les boîtes arc-en-ciel au congrès Information Visualisation (iV) 2018.

Le premier article "A new diagram for amino acids: User study comparing rainbow boxes to Venn/Euler diagram" est disponible ici et la présentation là.

Le second article "Visualizing symmetric square matrices with rainbow boxes: methods and application to character co-occurrence matrices in literary texts" est disponible ici et la présentation là. Et ce second article a obtenu un prix du meilleur article (Best Paper) !

De passage à Sarlerne pour le congrès Information Visualisation (iV) 2018. Ensuite, quelques jours de vacances m'ont permis de visiter la ville, son jardin médiéval et les ruines de Pompéi.

Owlready2 est un module Python pour la programmation orientée ontologie. Il permet de charger des ontologies OWL 2.0 et de les manipuler de manière transparente en Python.

Cette nouvelle version permet d'utiliser PostgresQL à la place de SQLite3 (cependant les performances sont généralement moins bonnes). Elle facilite également l'accès aux restrictions de type SOME sur les classes, en utilisant la notation pointée "classe.propriété".

Voici les modifications de la version 0.9 :

• PostgresQL backend (in addition to SQLite3)

• Add 'exclusive = False' option for SQLite3 backend (slower, but allows multiple uses)

• Use unique index in sqlite3 quadstore on resources table

• Optimize sqlite3 quadstore by caching IRI dict (5% faster)

• Add == support for class construct

• Add get_namespace() support on World

• Add 'existential restrictions as class properties' feature

• Bugfixes: - Fix imported ontologies - Fix saving ontologies in onto_path - Fix clear() on CallbackList - Fix bug in Class IRI in ontologies whose base IRI ends with a / - Fix imported ontologies in ontologies whose base IRI ends with a /

La nouvelle version peut être téléchargé sur PyPI (Python Package Index) : https://pypi.python.org/pypi/Owlready2

Ce grand tableau récapitule 5 notations utilisées pour les ontologies formelles en OWL : les logiques de description, la syntaxe de l'éditeur Protégé, la syntaxe d'Owlready2 en Python, et la sémantique en logique du premier ordre et en logique ensembliste. À garder à portée de main quand on travail sur les ontologies formelles !

Vous pouvez télécharger le grand tableau des ontologies (the great table of ontologies).

Observation d'oiseaux au jardin du château de Charlottenburg, Berlin.

Espèces photographiées (4): Canard mandarin (x5), Corneille mantelée, Foulque macroule, Fuligule morillon (4x)

De passage à Berlin pour une réunion du projet européen DESIREE. Après la réunion, quelques jours de vacances m'ont permis de visiter le château de Charlottenburg.

Owlready2 est un module Python pour la programmation orientée ontologie. Il permet de charger des ontologies OWL 2.0 et de les manipuler de manière transparente en Python.

Voici les modifications des versions 0.6, 0.7 et 0.8 (les deux premières n'ayant duré que quelques heures) :

• Add set_datatype_iri() global function for associating a Python datatype to an IRI

• Add nquads ontology format (useful for debugging)

• Add support for dir() on individuals

• Add support for ontology using https: protocol (thanks Samourkasidis Argyrios)

• Add observe module (for registering callback when the ontology is modified)

• Improve docs

• Bugfixes: - Align Python floats with xsd:decimal rather than xsd:double, finally, because decimal accepts int too - Fix Class.instances() so as it returns instances of subclasses (as indicated in the doc) - Fix direct assignation to Ontology.imported_ontologies - Fix a bug in reasoning, when adding deduced facts between one loaded and one non-loaded entity - Fix search(prop = "value") when value is a string and the ontology uses localized string

La nouvelle version peut être téléchargé sur PyPI (Python Package Index) : https://pypi.python.org/pypi/Owlready2

J'ai publié un nouvel article :

[j40] Tsopra R, Lamy JB, Sedki K. Using preference learning for detecting inconsistencies in clinical practice guidelines: methods and application to antibiotherapy. Artificial Intelligence in Medicine 2018;89:24-33, IMIA Yearbook 2019 best paper in decision support

J'ai présenté mes travaux sur l'établissement d'une correspondance entre les icônes VCM et la terminologie MedDRA au congrès MIE 2018.

L'article "Combining Semantic and Lexical Methods for Mapping MedDRA to VCM Icons" est disponible ici et la présentation là.

Observation d'oiseaux dans la ville de Goteborg (Suède).

Espèces photographiées (9): Bergeronnette grise (x2), Choucas des tours (x3), Corneille mantelée, Goéland argenté (x2), Grive litorne (x2), Harle bièvre (x2), Mésange bleue (x2), Pinson des arbres, Sitelle torchepot

Retour à Goteborg pour le congrès MIE 2018, dix ans après MIE 2008 au même endroit. L'occasion de revisiter le Maritaman, le musée de bateaux (et de sous-marin).

De retour au Sénégal presque 2 ans après ma mission d'enseignement en 2016, à l'occasion de la soutenance de thèse d'Appoh.

J'ai pu découvrir le pays dans des conditions plus climatique meilleure (hors de la saison des pluies et de sa chaleur étouffante !) et visiter Saint-Louis, la Langue de Barbarie, le parc des oiseaux du Djoudj. L'occasion également de retourner à l'hôtel Big Faim qui a fait peau neuve ! Enfin quelques jours à Dakar à la maison de l'université pour nouer des contacts pour la recherche.

Observation d'oiseaux au parc national des oiseaux du Djoudj (Sénégal).

Espèces photographiées (15): Aigrette garzette, Anhinga d'Afrique / oiseau-serpent (x2), Dendrocygne veuf (x3), Échasse blanche, Grande aigrette (x3), Grue couronnée, Héron cendré, Oie-armée de Gambie (x3), Pélican blanc (x6), Pygargue vocifère / aigle pêcheur (x2), Spatule d'Afrique, Sterne arctique, Talève d'Afrique, Tantale ibis, Vanneau éperonné (3x)

Observation d'oiseaux au parc de la Langue de Langue de Barbarie (Sénégal).

Espèces photographiées (6): Aigrette des récifs (x3), Échasse blanche, Grande aigrette (x2), Héron mélanocéphale, Mouette à tête grise, Sterne arctique