PyMedTermino (Terminologies Médicales en Python) est un module Python permettant d'accéder facilement aux principales terminologies médicales.

PyMedTermino 0.3 est disponible ; cette version ajoute deux nouvelles terminologies : MedDRA et CDF (le thésaurus de la banque de données Thériaque sur le médicament). Elle corrige aussi plusieurs bogues.

Il peut être télécharger sur PyPI (Python Package Index) : https://pypi.python.org/pypi/PyMedTermino

J'ai publié un nouvel article :

[j27] Lamy JB, Séroussi B, Griffon N, Kerdelhué G, Jaulent MC, Bouaud J. Toward a Formalization of the Process to Select IMIA Yearbook Best Papers. Methods of information in medicine 2015;54(2):135-44

Rosia Montana, c'est une montagne surperbe et sauvage en Roumanie, malheureusement il y a de l'or sous la montagne... et voilà qu'une multi-nationnale s'est mise en tête de retourner la montagne et d'extraire l'or. Mais l'or n'est présent qu'en petite quantité, au milieu de tonnes de roche. Il faudra donc l'extraire, l'extraction est prévue sur place et nécessite l'usage de cyanure dont les résidus formeront un lac artificiel...

Rosia Montana, c'est désormais aussi une chanson :)

rosia_montana.ogg

rosia_montana.mp3

Cette chanson est protégée par copyright et disponible sous licence CC-BY-SA : en particulier vous pouvez utiliser cette chanson pour toute action en rapport avec Rosia Montana.

rosia_montana.pdf

J'ai publié un nouveau chapitre de livre :

[x13] Duclos C, Burgun A, Lamy JB, Landais P, Rodrigues JM, Soualmia L, Zweigenbaum P. Medical Vocabulary, Terminological Resources and Information Coding in the Health Domain. Medical Informatics, e-Health - Fundamentals and Applications 2014;11-42, Springer

Voici la première version de Balazar Safari Photo, un formidable jeu d'action réflexion en 3D sous licence libre GPL.

Dans Balazar Safari Photo, pénétrez dans un monde étrange pour photographier de drôles de monstres ! Attention cependant car certains monstres vous donnerons du fil à retordre. Il y a les "pénibles", qui se sauvent en courant, les "mimétiques" qui se dissimulent dans le décor... et il y a les "dangereux", ceux qui voudront vous tuer !

Mais protection de la nature oblige, Balazar Safari Photo est un jeu non-violent : vous n'avez pas le droit de leur faire du mal, même s'ils sont méchants !

Cette première version du jeu inclut 2 niveaux.

Télécharger Balazar Safari Photo 0.1 par ici !

J'ai publié un nouvel article :

[j24] Pereira S, Hassler S, Hamek S, Boog C, Leroy N, Beuscart-Zéphir MC, Favre M, Venot A, Duclos C, Lamy JB. Improving access to clinical practice guidelines with an interactive graphical interface using an iconic language. BMC medical informatics and decision making 2014;14(1):77

Voici la première version stable (0.1) de Soya 3D 3 ! Soya est un moteur 3D pour Python 3.

Les nouveautés les plus marquantes sont les suivantes :

• Support de Python 3.4 et Blender 2.70

• Vertex shaders et pixel shaders ( plus d'information ici)

• Meilleurs performances : le processus de rendu a été entièrement réécrit, en utilisant les 'vertex buffer object' (VBO)

• Éclairage et cell-shading par pixel

• Antialiasing plein écran (Fullscreen antialiasing)

• Licence GPL v3

Télécharger Soya 3D 3-0.1 !

Quelques photos d'Istanbul et du congrès MIE 2014.

Voici le poster que j'ai présenté lundi au congrès MIE 2014, intitulé Toward an ontology-based system for the automatic detection of biases and weaknesses in drug clinical trial results (Vers un système à base d'ontologie pour la détection automatique de biais et faiblesses dans les résultats d'essais cliniques médicamenteux).

Version PDF : mie2014_poster.pdf.

"Bienvenue à tous pour cette cérémonie d'ouverture de la cinquantième Altercapitale ! Rappelons que l'Altercapitale est née il y a un demi-siècle, que dis-je, mieux que cela, un vingtième de millénaire, sous le nom d'Altervillage. Notre petit village a bien grandi depuis : Altervillage, Interville, puis Altercapitale. Tout d'abord je vous propose d'applaudir des quatre mains notre président qui a su mené à bien cette croissance accélérée grâce à un juteux et judicieux partenariat avec les BNIP !"

Le président arrive alors sous des applaudissements nourris (et désaltérés).

"Merci à tous ! Vous êtes formidables ! Permettez-moi aussi de remercier les BNIP pour l'installation de ces magnifiques tentes en forme de, disons, de cylindre surmonté d'un cône, si vous voyez ce que je veux dire... non ? Bon, en forme de fusée, vous voyez ? D'obus. Remerciement aussi pour l'argent liquide (et solide) que les BNIP nous ont offert ! Remerciement surtout pour la nouvelle mode de la paix lancé par les BNIP. Aujourd'hui qui s'équipe chic s'équipe BNIP ! Dans chaque sac à main (ou à pied), dans chaque sac à dos (ou à ventre), une BNIP ! Après l'iphone, l'ipad, et l'itoilette sèche, La BNIP est devenue le gadget nécessaire de notre époque."

"Oh, mais je vois des visages perplexes, y aurait-il quelques ringards qui ne connaissent pas encore les BNIP ? La BNIP, c'est la Bombe Nucléaire Individuelle Portative. Au siècle passé, le développement de l'armement nucléaire a permis l'établissement d'une paix militarisée dans les relations internationales, ainsi que la guerre froide grâce à laquelle la bête communiste a été terrassée. Aujourd'hui, la BNIP se propose d'apporter les mêmes bienfaits dans les relations individuelles. Et, au nom des libertés défendues par le premier amendement, pourquoi chacun n'aurait-il pas le droit d'avoir un équipement de défense nucléaire à sa disposition ? En cas de tentative de vol, ou si vous êtes abordés par un travailleur de l'agression sexuel, la BNIP est l'arme ultime qui mettra fin à toute violence."

"Je vous souhaite donc une excellente Altercapitale. Cette année nos ateliers porteront sur le transit énergétique et l'entrée du nucléaire, et plus particulièrement sur les techniques permacultrices de valorisation des zones radioactives contaminés, lesquelles, comme chacun sait, ce se sont multipliées exponentiellement ces derniers temps."

(texte écrit lors de l'atelier d'écriture de l'Altervillage 2014)

Soya est un moteur 3D pour Python. La première version de Soya a été utilisée dans plusieurs jeux et notamment Slune, Balazar et Balazar Brother. Plusieurs tentatives de seconde version n'ont pas donné grand chose, principalement faute de temps. Aujourd'hui, voici venir la version 3 dont les sources sont disponibles sur Bitbucket !

Les nouveautés les plus marquantes sont les suivantes :

• Support de Python 3.4 et Blender 2.70

• Vertex shaders et pixel shaders : Soya divise les shaders en pas moins de 20 'mini-shaders', ce qui permet de modifier une partie spécifique du rendu sans avoir à s'occuper du reste; de plus Soya accepte une syntaxe pythonique pour l'écriture des shaders !

• Meilleurs performances : le processus de rendu a été entièrement réécrit, en utilisant les 'vertex buffer object' (VBO)

• Éclairage et cell-shading par pixel

• Antialiasing plein écran (Fullscreen antialiasing)

• Licence GPL v3

Voici un exemple de mini-shader permettant de déformer un modèle 3D avec des "vagues" verticales. La déformation se fait dans le système de coordonnées de la caméra, c'est donc un "camera-space deform mini shader" selon la terminologie de Soya. La déformation dépend du paramètre temps (self.time) qui est mis à jour automatiquement par Soya.

wavy_mini_shader = soya.MiniShader("wavy", """
uniform float self.time
def void cameraspace_deform_mini_shader():
  current_vertex.x = current_vertex.x + 0.2 * sin(0.2 * self.time + 3 * current_vertex.y)
""")

my_body.add_mini_shader(wavy_mini_shader())

Ces mini-shaders permettent de réécrire une étape bien spécifique du rendu, Soya se chargeant ensuite de les rassembler pour créer les vertex et pixel shaders, ainsi que de les compléter avec les morceaux manquants si nécessaires (En effet, OpenGL ne permet normalement pas de réécrire qu'une partie du processus de rendu -- soit vous n'y touchez pas, soit vous réécrivez tout !). La série de tutoriels "mini-shader-xxx" dans les sources de Soya proposent d'autres exemples.

Les sources de la version de développement de Soya 3 sont disponibles sur Bitbucket. Cette version n'a pour l'instant été testée que sous Linux ; elle devrait cependant pouvoir se compiler sur les principales plateformes. Enfin, les premières images d'un projet secret de jeu utilisant Soya 3 peuvent être vues ici : Projet secret.

Serait-ce les premières images d'un projet secret ? Un nouveau jeu avec le moteur Soya 3D peut-être...?

Mice and mystics est un jeu de donjon coopératif dans lequel vous incarnez le prince héritier et ses alliés, qui ont été transformés en souris. Dans le château, vous affronterez désormais des ennemis de votre taille : cancrelat, araignée, chat... et soldats ennemis, qui eux ont été transformés en vilains rats (ils l'ont mérité !). Le jeu est prévu pour être joué en campagne, et propose un livret d'une dizaine de scénarios accompagnés de passages narratifs.

Le château est représenté par plusieurs petits plateaux correspondant aux différentes pièces, chacun étant recto-verso : d'un côté les pièces occupées par les humains, de l'autre les souterrains des souris situés en-dessous. Une bonne idée, qui malheureusement interdit de jouer sur les deux face d'un même plateau simultanément.

L'essentiel du jeu repose sur les combats, qui se règlent à grandes brouettes de dés. Les différentes faces des dés spéciaux donnent des attaques, des parades, ou des fromages. Ceux-ci servent à utiliser les capacités spéciales des souris, à obtenir de nouvelles capacités ou (pour les monstres) à faire avancer l'horloge et déclencher l'apparition de monstres errants.

Malheureusement, les options stratégiques sont plus que limitées : les souris ne peuvent pas se séparer (donc oubliez la traditionnelle question de ce type de jeu : "on reste groupés ou on se sépare ?"). Il n'est pas non plus possible de fuir les adversaires, combattre est en fait la seule option. Et l'exploration est plutôt limitée puisque les plateaux de salle, très grands, ne s'y prêtent guère. Même le vénérable Héroquest proposait quelque chose de plus beaucoup plus riche.

En fait, Mice and mystics, c'est un jeu de donjon où le groupe ne peut pas se séparer, ne peut pas fuir, et où chaque salle n'a qu'une seule nouvelle porte. Cela est d'autant plus dommage que le thème des souris se serait bien prêté à un jeu de course poursuite et de pièges astucieux !

Bien sûr, le matériel est somptueux, les dessins fort jolis et les figurines finement sculptées. Mais cela ne suffit pas à faire un bon jeu. D'ailleurs, j'ai fini Mice and mystics... en lisant le livre de scénarios, sans les jouer.

Points positifs :

• Le matériel et les figurines

• L'histoire

Points négatifs :

• Forte part de hasard

• Options stratégiques très limitées

• Histoire très "scriptée", avec peu de liberté d'action

• Plus proche d'un jeu de combat d'escarmouche que d'un jeu de donjon... malheureusement ce n'est pas ça que j'attendais.

Charte Gus and co : le jeu a été acheté de ma poche. Il n'y a pas de publicité sur mon site.